在行政诉讼中，若检察院发现判决书认定事实错误，可以通过以下法定程序进行纠正：
- 抗诉程序启动
根据《行政诉讼法》第93条，检察院认为法院生效判决存在”认定事实的主要证据不足”等法定情形时，可向同级法院提出抗诉。需注意：
- 抗诉期限为发现错误之日起6个月内
- 需制作《抗诉书》并附相关证据材料
- 抗诉对象包括基层/中级/高级法院的生效判决
- 再审审查阶段
法院收到抗诉后应：
- 在30日内裁定再审（第91条）
- 裁定再审的案件应中止原判决执行
- 组成合议庭进行全面审查（包括事实认定、法律适用、程序合法性）
- 事实认定的纠正方式
再审程序中可通过以下途径修正事实错误：
- 证据补强：对关键证据进行重新质证（如行政行为程序违法的新证据）
- 鉴定勘验：委托专业机构对专门性问题重新鉴定
- 证人出庭：要求关键证人接受交叉询问
- 推定规则：在证据链断裂时依法适用事实推定
- 判决结果处理
经再审确认事实错误的，法院应：
- 撤销原判，直接改判（第89条）
- 裁定发回重审（当事实认定影响程序公正时）
- 特别情形：若原判程序严重违法，可裁定不予执行行政行为
实务建议：
- 检察院应重点审查行政行为合法性要件的事实认定（如处罚依据、程序履行等）
- 当事人可向检察院申请检察建议（非抗诉程序），推动法院自行纠正
- 再审期间可同步申请证据保全，防止关键证据灭失
如需进一步分析具体案件中的事实认定问题，可提供判决书关键段落，我将结合《行政证据规定》为您详细解析。