甲方未办理施工许可证且发生安全事故的，责任判定需结合具体情形，通常涉及行政责任、民事责任甚至刑事责任，具体如下：

1. 行政责任层面
   根据《建筑法》第六十四条及《建设工程安全生产管理条例》第五十七条，未取得施工许可证擅自施工的，由县级以上建设行政主管部门责令停工、限期改正，并处工程合同价款1%-2%的罚款。若因未办证导致安全监管缺失，可能进一步加重处罚，如对直接责任人员处单位罚款5%-10%的罚款。
   关键点：行政责任的核心是“程序违法”，与事故后果的严重程度直接相关，但即使未发生事故，未办证本身已构成违法。

2. 民事责任层面

   • 对施工方：若事故因甲方未办证导致施工方无法接受安全监管（如未纳入政府安全检查范围），甲方可能因“过错侵权”承担部分赔偿责任。例如，甲方隐瞒未办证事实，导致施工方未采取额外安全措施，甲方需按过错比例赔偿。
     
   • 对第三方：若事故造成周边人员或财产损失，甲方作为建设单位，通常需与施工方承担连带赔偿责任，除非能证明自身无过错（如已尽到督促办证义务）。
     关键点：民事责任以“实际损失”为前提，需通过事故调查报告明确因果关系。

3. 刑事责任层面
   若事故构成“重大责任事故罪”或“工程重大安全事故罪”，甲方直接责任人员（如项目负责人）可能被追究刑事责任。根据《刑法》第一百三十四条、第一百三十七条，若甲方未办证行为与事故存在直接因果关系（如未办证导致安全措施缺失），且事故造成1人以上死亡或3人以上重伤，或直接经济损失100万元以上，甲方相关人员可能面临3年以下有期徒刑或拘役；情节特别恶劣的，处3-7年有期徒刑。
   关键点：刑事责任需满足“过失+严重后果”要件，且需证明未办证与事故的直接关联性。

实务建议：

1. 事故发生后，甲方应立即停工并补办施工许可证（若可能），同时配合政府调查，避免责任扩大。
   
2. 收集证据证明已履行部分安全义务（如要求施工方提交安全方案、定期检查等），以降低过错比例。
   
3. 若涉及刑事风险，建议提前咨询律师，通过“事故调查报告”分析因果关系，争取不构成犯罪或减轻处罚。
   

如有进一步细节（如事故等级、甲方具体行为等），可继续向我咨询，我会结合具体情形为您细化分析。