结论：签了保密协议，公司被查时是否会被调查，这主要取决于调查的具体原因、目的以及保密协议的内容和范围。以下从多个角度进行详细分析：
调查原因与目的：
- 如果公司被查是因为涉及违法犯罪行为，如财务造假、偷税漏税、商业贿赂等，那么调查机关（如公安机关、税务机关、市场监管部门等）很可能会对公司的所有相关文件和记录进行审查，包括保密协议。这是因为保密协议可能涉及公司的不当行为或掩盖违法事实的证据。
- 如果公司被查是因为其他原因，如常规审计、合规检查等，且这些检查与保密协议的内容无直接关联，那么调查机关可能不会特别关注保密协议。
保密协议的内容和范围：
- 保密协议通常规定了员工或合作伙伴对公司商业秘密、技术秘密、客户信息等敏感信息的保密义务。如果保密协议的内容广泛，且涉及公司运营的关键信息，那么在公司被查时，这些协议很可能成为调查的重点之一。
- 如果保密协议的内容相对狭窄，仅涉及特定项目或特定信息，且这些信息与调查无关，那么保密协议可能不会被调查机关特别关注。
法律义务与责任：
- 无论保密协议是否被调查，员工或合作伙伴都有义务遵守保密协议的规定，不得泄露公司敏感信息。如果违反保密协议，可能面临法律责任，包括民事赔偿和刑事责任。
- 在公司被查时，如果调查机关要求提供保密协议或相关文件，员工或合作伙伴应积极配合，但同时也有权要求调查机关保护其合法权益，如不泄露其个人信息等。
实际案例与操作建议：
- 在实际操作中，如果公司被查且涉及保密协议，建议员工或合作伙伴首先咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及如何应对调查机关的询问和要求。
- 同时，员工或合作伙伴应仔细审查保密协议的内容，确保自己没有违反协议规定，并准备好相关证据以证明自己的合规性。
- 如果调查机关的要求超出合理范围或侵犯个人权益，员工或合作伙伴有权拒绝并寻求法律救济。
总结与建议：签了保密协议并不意味着在公司被查时一定会被调查，这取决于多种因素。然而，无论是否被调查，员工或合作伙伴都应严格遵守保密协议的规定，并在必要时寻求专业律师的帮助。如果你有任何关于保密协议或公司被查的法律问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。