股东协议未在工商局备案，并不影响其本身的法律效力，但可能影响其对抗第三人的效力。以下是对这一问题的详细分析：
一、股东协议的法律效力
股东协议是股东之间就公司经营、管理、利润分配等事项达成的协议，它属于合同范畴，受《民法典》合同编的调整。只要股东协议是双方真实意思的表示，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议就是有效的，对股东之间具有法律约束力。因此，即使股东协议没有在工商局备案，也不影响其本身的法律效力。
二、未备案可能带来的影响
对抗第三人的效力受限：
- 根据相关法律规定，公司的一些重要事项，如公司章程、股东名册等，需要在工商局进行备案，以便公众查询和了解公司的基本情况。虽然股东协议不属于必须备案的文件，但如果未备案，当股东协议的内容与工商登记的内容不一致时，可能难以对抗善意第三人。
- 例如，如果股东协议中约定了某股东的出资比例与工商登记的不一致，且该协议未备案，那么当该股东与外部债权人发生纠纷时，债权人可能依据工商登记的内容来主张权利，而股东协议中的约定可能无法得到法院的支持。
可能引发内部纠纷：
- 股东协议未备案，也可能在公司内部引发纠纷。因为备案在一定程度上具有公示公信的作用，未备案可能导致其他股东或公司管理层对协议内容不知情或产生误解，从而引发争议。
三、建议与措施
及时备案：
- 为了增强股东协议的对抗第三人效力，减少内部纠纷，建议股东在签订协议后，及时将协议副本提交给工商局进行备案。虽然这不是法律强制要求，但备案可以作为一种公示方式，提高协议的公信力。
完善公司治理结构：
- 公司应建立健全的治理结构，包括股东会、董事会、监事会等，确保公司决策的合法性和合规性。同时，公司应制定完善的公司章程和内部管理制度，明确股东的权利和义务，减少因协议未备案而引发的纠纷。
保留证据：
- 股东应妥善保管股东协议的原件和复印件，以及与协议签订、履行相关的所有证据。这些证据在发生纠纷时将起到至关重要的作用。
寻求法律帮助：
- 如果股东对协议备案、公司治理等方面存在疑问或担忧，可以及时向我咨询。我可以根据具体情况提供专业的法律意见和建议，帮助股东维护自身权益。
总结来说，股东协议未在工商局备案并不影响其本身的法律效力，但可能影响其对抗第三人的效力。为了降低风险，建议股东及时备案协议、完善公司治理结构、保留相关证据，并在必要时寻求法律帮助。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律支持，请随时向我咨询。