结论：在符合相关法律规定、双方真实意思表示，且不存在恶意串通、非法目的等情形下，有付款委托书将货款付给第三方是合法的。
合法性分析
真实意思表示与主体适格
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，付款委托书的签订必须是各方当事人真实意愿的体现，无欺诈、胁迫等情形。在货物买卖合同中，如果买卖双方协商一致，由买方出具付款委托书，委托第三方支付货款，且各方均明确知晓并同意此安排，那么该付款委托书是基于真实意思表示订立的，合法有效。
- 同时，签订付款委托书的各方需具备相应的民事行为能力。自然人需年满十八周岁（或十六周岁以上以自己的劳动收入为主要生活来源）且精神状态正常；法人或其他组织需依法成立并具备权利能力和行为能力。
内容合法与委托代理规定
- 付款委托书的内容不得违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗。例如，委托付款应用于合法的商业往来、债务清偿等正当用途。
- 委托第三方付款本质上属于委托代理行为，需符合《中华人民共和国民法典》中关于委托代理的规定。买方应向第三方出具明确的授权委托书，载明委托事项（即支付货款）、权限（如支付金额、支付方式等）和期限等内容。第三方在授权范围内实施的付款行为对买方产生法律效力。
得到债权人认可
- 在货物买卖合同中，如果卖方明确表示同意或接受第三方的付款，那么该付款委托书具有法律效力。这通常体现在卖方接受第三方付款的确认函或相关交易记录中。
可能存在问题的情形及防范措施
恶意串通与非法目的
- 如果买方和第三方恶意串通，损害卖方的利益，或者付款委托书被用于非法活动（如洗钱、逃避税收等），那么该付款委托书可能被认定为无效。
- 防范措施：买卖双方应确保交易的真实性和合法性，避免参与任何非法活动或恶意串通行为。在签订付款委托书前，双方应对第三方的资信状况进行充分调查。
缺乏明确授权或追认
- 如果第三方未获得买方明确授权擅自代付款项，或者付款后未得到买方的追认，可能引发法律纠纷。
- 防范措施：买方应出具明确的授权委托书，并在必要时对第三方的行为进行追认。同时，卖方在接受第三方付款时，应要求买方提供相关的授权证明文件。
实际操作建议
- 签订书面付款委托书：买卖双方应签订详细的书面付款委托书，明确约定委托事项、金额、支付方式、期限等关键条款。这有助于减少纠纷的发生，并在纠纷发生时提供有力的证据。
- 资信调查：在签订付款委托书前，买卖双方应对第三方的资信状况进行充分调查，以确保交易的安全性和可靠性。这包括了解第三方的经营状况、财务状况、信用记录等。
- 法律审核：如有必要，可寻求专业法律人士（如我）的帮助，对付款委托书的内容进行审核和指导，以降低法律风险。
总结：有付款委托书将货款付给第三方在符合法律规定和双方真实意思表示的前提下是合法的。然而，由于存在一定的法律风险，买卖双方在采用这种支付方式时应谨慎对待，充分了解相关法律风险并采取相应的防范措施。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。