结论：协议上甲方乙方章位置盖错了，若双方均认可且无异议，合同通常有效；若一方提出异议，则合同的效力可能受影响，需通过协商或法律途径解决。以下是根据不同情况给出的详细分析和建议：
一、合同协商拟定阶段
- 情况分析：在合同协商拟定阶段发现盖章错误，此时合同尚未正式生效，处理起来相对简单。
- 解决方式：
- 重新盖章：与对方沟通说明情况后，在正确的位置重新盖章。
- 作废重签：如果盖章错误较为严重，或者双方希望更加稳妥，可以作废当前合同文本，重新打印一份新的合同进行签署。
二、合同已签署完毕阶段
（一）双方均已盖章但位置错误
双方认可：
- 情况分析：如果双方对合同内容无异议，并都认可盖章位置错误的事实，那么合同的效力通常不受影响。因为双方以实际盖章行为表达了对合同条款的接受，即使盖章位置有误，也不妨碍合同的核心要素和双方的真实意思表示。
- 解决方式：为避免后续纠纷，建议双方签订补充协议，明确说明盖章位置错误但不影响合同效力，以及合同将继续按原约定履行。
一方提出异议：
- 情况分析：如一方认为盖章位置错误影响了合同的正常履行或效力，可能引发争议。例如，可能导致对合同主体的误认，或者影响对合同条款的理解和执行。
- 解决方式：
- 协商解决：双方应首先尝试协商解决，通过沟通达成一致意见，对盖章错误进行修正或确认。
- 法律途径：若协商无果，可能需要通过法律途径确定合同的效力和履行方式。法院或仲裁机构将综合考虑合同的实际履行情况、双方真实意思表示、条款完整性等因素作出判断。若能证明双方有订立合同的意愿且主要条款明确，即便盖章位置有误，合同也可能被认定有效，但可能需要对盖章问题进行调整或明确。
（二）合同仅有一方盖章
- 情况分析：若合同仅有乙方（或本应甲方却错误地）盖章，而另一方尚未盖章，此时合同通常未成立生效。因为合同的成立一般需要双方的合意并通过签字或盖章确认。
- 解决方式：建议及时更正盖章位置，并由正确的主体在相应位置盖章，以确保合同的合法有效性。
三、特殊情况下的处理
- 合同约定盖章位置要求：若合同中明确规定了盖章位置，且规定位置错误则合同无效，此时应严格按照合同约定执行，可能需要重新签订合同。
四、预防与注意事项
- 谨慎盖章：在盖章前应仔细检查合同内容，确保盖章位置准确无误。可以事先在合同上标注出盖章位置，以避免错误。
- 及时沟通：一旦发现盖章错误，应第一时间与对方沟通，寻求解决方案。避免因为拖延而引发更大的纠纷。
- 法律意识：增强法律意识，了解合同盖章的法律效力和可能引发的后果。在签署合同前，可以咨询专业律师或法律顾问的意见。
总结与建议：协议上甲方乙方章位置盖错了，并不一定意味着合同无效。关键在于双方的态度和合同的具体情况。如果双方均认可且无异议，合同通常有效；如果一方提出异议，则需要通过协商或法律途径解决。在实际操作中，建议双方保持沟通、谨慎盖章，并在必要时签订补充协议或寻求法律帮助。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。