如果签字盖章时甲乙方盖章盖反了，一般情况下合同仍然有效，但可能引发一些不必要的争议和风险，需要视具体情况采取相应措施。以下从不同角度为您详细分析：
合同效力角度
合同一般仍然有效：
- 合同的效力主要取决于合同内容是否合法、双方意思表示是否真实以及是否满足法律规定的生效要件。盖章盖反了，并不直接导致合同无效，因为这并未改变合同双方的真实意愿和合同的主要内容。
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，只要合同双方具备相应的民事行为能力，合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方意思表示真实，合同即有效。
可能存在的争议：
- 尽管合同有效，但盖章盖反了可能引发双方对合同履行、责任承担等方面的争议。例如，一方可能以盖章错误为由主张合同未成立或未生效，从而拒绝履行合同义务。
风险防范与应对措施
及时沟通并更正：
- 一旦发现盖章盖反了，双方应立即沟通，明确各自的权利义务，并协商更正盖章位置。这可以通过补充协议、更正声明或重新签订合同等方式实现。
- 在更正过程中，双方应确保更正后的合同内容与原合同一致，避免因更正而产生新的争议。
保留相关证据：
- 双方应保留与合同签订、履行相关的所有证据，包括但不限于合同文本、沟通记录、付款凭证等。这些证据在后续可能出现的争议中具有重要的证明作用。
寻求法律帮助：
- 如果双方无法就盖章盖反的问题达成一致，或者因此产生了争议，可以寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体情况提供法律意见，协助双方解决争议。
特殊情况下的处理
合同中有特别约定：
- 如果合同中明确约定了盖章的位置、方式或顺序等，且盖章盖反了违反了这些约定，那么双方应根据合同约定承担相应的责任。在这种情况下，可能需要按照合同约定的争议解决方式（如仲裁、诉讼等）来解决争议。
涉及第三方利益：
- 如果盖章盖反了涉及第三方利益（如担保人、共有人等），那么双方应谨慎处理，避免因更正盖章而损害第三方的利益。在这种情况下，可能需要与第三方进行沟通并协商解决方案。
建议：在签订合同时，双方应仔细核对合同内容，确保盖章位置正确无误。如果发现盖章盖反了，应及时沟通并更正，以避免不必要的争议和风险。如果您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供法律意见。