确实存在业务真实但被定为虚开发票的情况。这通常发生在发票开具的内容与实际业务存在不符之处时。以下是对此问题的详细分析：
一、不属于虚开发票的情形
当业务真实发生，且发票开具严格遵循以下原则时，不构成虚开发票：
- 内容一致：发票上记载的交易双方信息、货物或服务的名称、数量、金额等要素，必须与实际业务完全相符。
- 真实意图：开票方和受票方需具备真实的交易意图和商业实质，而非为了逃税、套取资金或其他非法目的而开具发票。
举例：甲公司向乙公司销售了一批电子产品，价值10万元，并据此开具了包含正确信息的增值税专用发票，此行为符合规定，不属于虚开发票。
二、属于虚开发票的情形
即便存在实际业务，但若出现以下任一情况，仍可能被认定为虚开发票：
内容不符：
- 销售的是A产品，但发票上却记载为B产品。
- 发票金额与实际交易金额不一致，如实际交易5万元，却开具8万元的发票。
让他人代开：
- 甲企业让与其有业务往来的乙企业多开具发票金额，以达到少缴税的目的。
- 甲企业从丙企业购买货物，却让与该业务无关的丁企业（具备开票资格）为自己开具发票。
介绍虚开：
- 如张三知晓A公司需要发票增加成本，同时了解到B公司有多余发票可开，便介绍A公司从B公司开具与实际业务不符的发票，此类行为同样构成虚开发票。
三、法律后果
根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，虚开发票是违法行为，将面临以下法律制裁：
- 税务机关没收违法所得。
- 虚开金额在1万元以下的，可并处5万元以下的罚款。
- 虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款。
- 若构成犯罪，还将依法追究刑事责任。
四、应对建议
如果公司所有业务都是正规的，但却被认定为虚开发票，可按照以下步骤应对：
- 详细了解情况：查看税务通知、审计报告或相关法律文件，准确把握问题的性质和严重程度。
- 收集整理证据：包括业务合同、物流凭证、资金流水、出入库记录等，以证明交易的真实性和发票开具的合规性。
- 积极沟通陈述：主动与税务机关取得联系，表明公司积极配合调查的态度，并结合收集到的证据，清晰、有条理地陈述每笔业务的真实性和发票开具的合规性。
- 内部自查整改：检查发票管理制度是否完善，是否存在漏洞，并立即进行整改。同时，加强员工培训和教育，提高他们对发票管理和税收法规的认识和重视程度。
- 法律途径维权：如果经过沟通和自查后，问题仍未得到解决，或者税务机关的认定确实存在错误，可以考虑采取法律途径维权，如申请行政复议或提起行政诉讼。
总结与建议：为避免不必要的法律风险，企业在开具或接收发票时，应确保发票内容与实际业务完全一致，并保留好相关交易凭证以备查证。同时，应加强对财务人员的培训和管理，提高其法律意识和风险防控能力。如果遇到被认定为虚开发票的情况，应保持冷静和理性，通过详细了解问题、积极沟通陈述、内部自查整改、法律途径维权等措施来有效地应对和解决问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。