企业因水资源问题被关停，首先需明确关停的合法性及原因，再针对性采取应对措施。具体可从以下几个角度分析和处理：

1. 核查关停的法律依据和程序合法性
   企业被关停通常涉及环保、水资源管理或行政处罚等法律问题。需第一时间核查关停的行政决定书或通知，确认：

   • 法律依据：关停是否依据《水法》《水污染防治法》《环境保护法》等明确条款，例如企业是否存在超标排污、非法取水、破坏水资源等行为。
     
   • 程序合法性：行政机关是否履行了调查、听证、告知等法定程序，是否存在程序违法（如未给予陈述申辩机会）。
     若关停决定违法或程序瑕疵，企业可依法申请行政复议或提起行政诉讼，要求撤销或变更决定。

2. 评估关停原因与企业行为的关联性

   • 若企业确实存在违法行为（如未经许可取水、排放污染物超标）：
     需立即整改，例如补办取水许可、升级污水处理设施、缴纳罚款等，争取通过整改恢复生产。同时，可与行政机关协商分期整改或暂缓关停，减少损失。
     
   • 若企业无过错或关停原因存疑（如政策调整、区域水资源规划变动）：
     可要求行政机关提供证据，证明关停与企业行为的直接因果关系。若无法证明，企业有权主张关停决定缺乏事实依据。

3. 协商与行政救济途径

   • 协商解决：主动与当地水务局、环保局等部门沟通，说明企业整改计划或补偿诉求，争取达成和解（如缩短关停期限、减免部分罚款）。
     
   • 行政复议：在收到关停决定后60日内，向上一级行政机关申请复议，要求撤销或变更原决定。
     
   • 行政诉讼：若复议未果，可在6个月内向法院起诉，主张关停决定违法（如超越职权、适用法律错误）。

4. 民事赔偿与经济补偿

   • 若关停导致经济损失（如设备闲置、合同违约）：
     可依据《国家赔偿法》申请行政赔偿，但需证明行政行为违法且直接造成损失。
     
   • 若因公共利益关停（如水源地保护）：
     部分地区政策允许企业申请生态补偿或搬迁补助，需关注地方性法规或政策文件。

5. 长期合规与风险防范

   • 完善用水手续：确保取水许可、排水许可等证件齐全，定期监测水质并留存记录。
     
   • 建立应急预案：针对突发水资源问题（如干旱、污染），制定停产、限产方案，降低行政风险。
     
   • 关注政策动态：及时了解地方水资源保护规划、环保标准调整，提前调整生产模式。

行动建议：

1. 立即收集关停决定书、企业用水记录、环保检测报告等证据；
   
2. 咨询专业律师，评估关停合法性及应对策略；
   
3. 根据律师意见，选择协商、复议或诉讼途径，优先争取恢复生产。
   

企业因水资源关停涉及行政、民事多重法律关系，需结合具体案情制定方案。如有进一步细节（如关停原因、企业类型等），可向我补充说明，我会提供更精准的建议。