在双方互相有多次转账的情况下起诉，处理方式需根据转账的性质、目的以及双方的法律关系来综合判断。以下是具体分析：

1. 明确转账性质与目的

   • 借贷关系：如果转账是基于借贷关系，即一方出借资金给另一方，并约定了还款期限和利息（如有），那么起诉时，出借方需要提供转账记录、借条或借款合同等证据，以证明借贷关系的存在和借款金额。法院将根据这些证据，判决借款方偿还借款本金及利息（如有约定）。
   • 赠与关系：如果转账是出于赠与目的，即一方无偿将资金给予另一方，且没有约定还款义务，那么这种转账通常被视为赠与。在赠与关系中，除非存在法定撤销情形（如受赠人严重侵害赠与人或其近亲属的合法权益等），否则赠与人无权要求受赠人返还赠与财产。
   • 其他法律关系：如果转账是基于其他法律关系，如买卖、服务合同等，那么起诉时需要提供与这些法律关系相关的证据，如合同、发票、聊天记录等，以证明双方的权利义务关系。

2. 收集并整理证据

   • 在起诉前，双方应收集并整理所有与转账相关的证据，包括转账记录、聊天记录、借条、合同等。这些证据将用于证明转账的性质、目的以及双方的法律关系。
   • 转账记录是关键证据之一，应确保记录的完整性、准确性和真实性。如果可能的话，可以获取银行或第三方支付平台的官方转账记录作为证据。

3. 确定诉讼请求与理由

   • 根据转账的性质和目的，确定具体的诉讼请求。例如，如果是借贷关系，可以请求法院判决借款方偿还借款本金及利息；如果是其他法律关系，可以请求法院判决对方履行合同义务或赔偿损失等。
   • 在起诉状中，应详细阐述转账的事实、性质、目的以及双方的法律关系，并说明诉讼请求的法律依据和事实依据。

4. 选择适当的诉讼程序

   • 根据案件的性质和金额大小，选择适当的诉讼程序。如果案件金额较小或事实清楚、权利义务关系明确，可以选择简易程序进行审理；如果案件金额较大或事实复杂、权利义务关系不明确，则需要选择普通程序进行审理。

5. 参与庭审与调解

   • 在庭审过程中，双方应积极参与，提供证据、陈述事实和理由，并接受法院的询问和调查。
   • 如果可能的话，双方可以在法院的主持下进行调解。调解是一种快速、有效的解决纠纷的方式，可以节省时间和成本，并维护双方的关系。

6. 执行判决或调解书

   • 如果法院作出判决或调解书，双方应履行判决或调解书所确定的义务。如果一方不履行义务，另一方可以向法院申请强制执行。

建议：在处理此类纠纷时，建议双方首先尝试通过协商或调解的方式解决争议。如果协商或调解无果，再考虑通过法律途径解决。同时，在转账时，建议明确转账的性质和目的，并保留好相关证据，以避免不必要的纠纷和损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。