交通执法部门在高速服务区进行执法是合法的，他们确实拥有在高速服务区的执法权。以下从多个角度为你详细分析：
法律依据与执法权限
根据《中华人民共和国道路交通安全法》、《中华人民共和国公路法》以及相关交通管理法规，交通执法部门被明确赋予了管理道路运输秩序、保障交通安全的职责。高速公路服务区作为道路运输体系中的关键节点，自然也纳入交通执法部门的管理和执法范畴。这意味着，交通执法部门有权在其管辖区域内的高速服务区依法开展各类执法活动，以确保道路运输的安全与规范。
执法目的与常见情形
交通执法部门在高速服务区查车，主要出于以下几个目的：
检查营运车辆合规性：执法人员会重点检查营运车辆是否存在超员、非法营运、超载、超限等违法行为，同时核查车辆手续是否齐全、驾驶员资质是否符合要求。例如，对于长途客运车辆，执法人员会严格检查司机的驾驶时间，防止疲劳驾驶，从而保障乘客的生命安全。
排查车辆安全隐患：执法人员还会对车辆的安全技术状况进行全面检查，包括制动系统、灯光系统是否正常，轮胎磨损情况是否符合安全标准等。一旦发现车辆存在安全隐患，执法人员会立即要求车主进行整改，以避免在高速公路上发生交通事故。
执法规范与程序
交通执法部门在高速服务区查车时，必须严格遵守法定的程序和规范，具体包括：
出示执法证件：执法人员应当主动出示执法证件，表明执法身份，确保执法的合法性和权威性。
按照规定流程检查：执法人员需要按照规定的流程进行检查，不得随意执法或滥用职权。例如，他们可能会要求驾驶员出示驾驶证、行驶证等相关证件，并对车辆进行外观检查、技术检查等。
保障被检查对象合法权益：在执法过程中，执法人员应尊重并保障被检查对象的合法权益，避免对其造成不必要的损害或侵扰。如果驾驶员对执法行为有异议，执法人员应当耐心解释，并告知其相应的救济途径。
地方差异与特殊情况
虽然交通执法部门在高速服务区拥有执法权，但不同地方的交通法规可能存在一定差异。有时，地方可能会出台特别的规定或临时管制措施，以适应本地的交通状况和管理需求。因此，驾驶者在高速上遇到查车情况时，应积极配合执法人员的工作，并留意其执法行为是否合规。如有任何疑问或觉得执法行为不妥，可以在事后向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。
综上所述，交通执法部门在高速服务区进行执法是合法的，且必须严格遵守相关法律法规和程序规范。作为驾驶者，我们应当积极配合执法工作，共同维护道路运输的安全与规范。如果你有任何关于交通运输领域的法律问题，都可以直接向我咨询。