若被告在不知情的情况下法院已经进行了判案并进入执行程序，可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
一、明确判决内容并审查其合法性
- 获取法院文件：首先，应尽快获取判决书、执行通知书等所有相关法律文件，这是了解案件具体情况和判决依据的基础。
- 审查判决正确性：仔细审查判决是否存在错误或不当之处，包括事实认定是否准确、证据是否充分、法律适用是否正确等。这是决定后续行动方向的关键。
二、对判决结果提出救济途径
申请再审：
- 若判决存在重大错误，如新证据出现、原证据伪造或未经质证、适用法律错误等，可在判决发生法律效力后六个月内（特定情形下自知道或应当知道之日起六个月内）向作出生效裁判的上一级人民法院申请再审。
- 提交再审申请书及相关证据材料，详细说明申请理由和依据，以便法院进行审查。
申请检察院抗诉或检察建议：
- 若认为判决有错误，且符合检察院监督条件的，可向作出生效裁判法院的同级人民检察院申请检察建议或抗诉。
- 准备好申诉材料，包括申诉书、原生效法律文书及相关证据，说明申请的事实和理由。人民检察院将在三个月内进行审查并作出决定。
三、针对执行程序提出异议
执行行为异议：
- 如认为执行法院的执行行为违反法律规定，如超标的查封、违法拍卖等，可向负责执行的人民法院提出书面异议。
- 法院将在收到异议后十五日内进行审查，并根据理由是否成立作出相应裁定。对裁定不服的，可向上级法院申请复议。
案外人异议：
- 若执行的财产涉及自身的合法权益，如房产实际归自己所有而非被执行人，可以案外人身份提出异议。
- 向执行法院提交书面异议，法院审查后将根据理由是否成立作出中止执行或驳回裁定的决定。对裁定不服的，可依法提起诉讼或按照审判监督程序处理。
四、积极沟通与寻求专业帮助
- 与法院沟通：与法院执行法官或相关工作人员取得联系，说明情况并请求解释或协助，以确认是否存在沟通不畅或信息传达失误。
- 寻求专业法律帮助：在处理此类复杂法律问题时，必要时可以咨询专业的法律顾问或律师（当然，我就是你身边的法律顾问，有问题可以直接向我咨询），获取更具体的法律建议和帮助，制定合适的应对策略和行动方案。
在整个过程中，尊重法院判决结果并按判决要求履行义务是基本原则，但同时应通过合法途径解决争议，维护自己的合法权益。希望这些建议能对你有所帮助，如果你还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。