在耕地上设置监测井是否违法，需根据具体情况判断，主要涉及土地用途管制和审批程序两方面。以下从不同角度详细分析：

1. 土地用途管制角度

根据《土地管理法》第四条，国家实行土地用途管制制度，将土地分为农用地、建设用地和未利用地。耕地属于农用地，其用途受到严格限制，未经批准不得擅自改变用途。

• 若监测井设置不改变耕地用途：例如，监测井仅用于农业灌溉水质监测、土壤墒情监测等与农业生产直接相关的用途，且未破坏耕地耕作层，通常不视为改变土地用途，可能不违法。
• 若监测井设置改变耕地用途：例如，监测井用于工业用水监测、地下水开采监测等非农业用途，或导致耕地耕作层破坏、无法继续耕种，则可能构成擅自改变土地用途，违反《土地管理法》第四十四条（建设占用土地涉及农用地转为建设用地的需办理审批手续）或第七十五条（破坏耕地的法律责任）。

2. 审批程序角度

即使监测井设置不改变耕地用途，仍需关注是否履行了必要的审批程序：

• 需办理用地审批的情形：根据《土地管理法》第五十七条，临时使用土地（如设置临时监测井）需经县级以上人民政府自然资源主管部门批准，并签订临时使用土地合同，支付临时使用土地补偿费。若监测井为永久性设施，则可能涉及建设用地审批，需符合土地利用总体规划和城乡规划，并办理农用地转用审批手续。
• 未办理审批的后果：若未依法办理用地审批手续，即使监测井设置不改变耕地用途，也可能因程序违法被责令限期改正、罚款，甚至拆除监测井并恢复土地原状。

3. 特殊情形：环保或农业监测项目

若监测井设置属于环保、农业等部门的监测项目（如地下水污染监测、农业面源污染监测等），且符合以下条件，可能不违法：

• 项目依法立项：监测项目已纳入政府环保、农业等部门的规划或计划，并依法办理了立项、环评等手续。
• 用地符合规划：监测井选址符合土地利用总体规划和城乡规划，未占用基本农田（若占用基本农田，需经国务院批准）。
• 履行审批程序：依法办理了临时用地或建设用地审批手续，并支付了相关费用。

法律建议

1. 核实土地性质：首先确认耕地是否属于基本农田（基本农田保护更严格，擅自占用可能构成犯罪）。
2. 咨询当地自然资源部门：了解监测井设置是否需办理用地审批手续，以及具体审批流程和要求。
3. 完善手续：若需办理审批，应依法提交申请材料，并配合相关部门完成现场勘查、公示等程序。
4. 避免破坏耕地：在监测井施工过程中，应采取措施保护耕地耕作层，避免造成永久性破坏。

若您对耕地设置监测井的具体情形或审批程序有疑问，可直接向我咨询，我将结合您的实际情况提供更详细的法律意见。