结论：税务局对弄丢纸质发票罚款100元是否合法不能一概而论，需要结合具体情况判断，以下分情况说明：
- 从罚款依据角度
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十六条规定，跨规定的使用区域携带、邮寄、运输空白发票，以及携带、邮寄或者运输空白发票出入境的，由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；情节严重的，处1万元以上3万元以下的罚款；有违法所得的予以没收。丢失发票或者擅自损毁发票的，依照前款规定处罚。
- 如果当地税务机关依据此条款，结合丢失发票的具体情节，认定丢失纸质发票的行为属于应给予罚款处罚的情形，并且按照规定的程序进行处罚，罚款100元是在1万元以下这个幅度范围内，那么这种罚款就是合法的。例如，企业因自身管理不善，随意放置发票导致丢失，且丢失发票数量较少，税务机关综合考虑后作出罚款100元的决定。
- 从处罚程序角度
- 税务机关作出罚款决定必须遵循法定程序。这包括在作出处罚决定前，应当告知当事人作出行政处罚决定的事实、理由及依据，并告知当事人依法享有的权利，如陈述、申辩权等。当事人有权进行陈述和申辩，税务机关必须充分听取当事人的意见，对当事人提出的事实、理由和证据，应当进行复核；当事人提出的事实、理由或者证据成立的，税务机关应当采纳。
- 如果税务机关在罚款过程中，没有履行这些法定程序，比如没有告知当事人相关权利，或者没有听取当事人的陈述和申辩就直接作出罚款100元的决定，那么这种罚款行为就是不合法的，当事人可以通过行政复议或者行政诉讼等途径来维护自己的合法权益。
- 从发票类型和情节严重程度角度
- 不同类型的发票丢失，其情节严重程度的认定可能不同。如果是普通发票丢失，相对来说情节可能较轻；但如果是增值税专用发票丢失，由于其涉及到的税收抵扣等重要问题，情节可能被认定为较为严重。
- 如果丢失的发票数量较多，或者丢失发票后没有及时采取措施，如向税务机关报告、登报声明作废等，导致可能给国家税收造成较大损失或者存在其他严重后果的，税务机关可能会认定情节严重，罚款100元可能只是较低限度的处罚；反之，如果丢失发票数量少，且及时采取了补救措施，情节轻微，税务机关也可能依法作出罚款100元的决定，这种情况下是合法的。
如果遇到这种情况，对罚款合法性有疑问，可以进一步向我咨询具体细节，以便更准确地分析和判断。