行政单位申请人民法院强制执行的时间超过三个月，一般情况下是无效的。下面我将从多个角度为你详细解释：
一、一般规定
根据《中华人民共和国行政强制法》第五十三条的规定，当事人在法定期限内不申请行政复议或者提起行政诉讼，又不履行行政决定的，没有行政强制执行权的行政机关可以自期限届满之日起三个月内，申请人民法院强制执行。这里的“法定期限”具体指的是：
举例说明：假设行政机关在2024年1月1日对某企业作出了行政处罚决定，并告知了相关的复议和诉讼权利及期限。若该企业未在规定的期限内申请复议或提起诉讼，也未履行处罚决定，那么从六个月诉讼期满之日（即2024年7月1日）起，行政机关有三个月的时间（至2024年10月1日）来向法院申请强制执行。如果行政机关在2024年10月1日之后才申请，那么就超过了法定的申请期限。
二、催告期与申请期限的关系
在行政机关申请法院强制执行之前，还有一个重要的步骤是催告当事人履行义务。催告书送达后，需等待十日，若当事人在这十日内仍未履行义务，行政机关才能向有管辖权的人民法院提出强制执行申请。这十日的催告期是包含在上述三个月的申请期限内的。
继续举例：若行政机关在2024年7月5日向当事人送达了催告书，而当事人在7月15日（催告期满后）仍未履行义务，那么行政机关可以在剩余的期限内（即至2024年10月1日前）向法院申请强制执行。如果行政机关在催告期满后，但超过了三个月的申请期限才申请，那么也是无效的。
三、特殊情况处理
虽然一般情况下行政单位申请法院强制执行的期限是三个月，但也存在一些特殊情况。如果行政相对人选择了申请行政复议或提起行政诉讼，那么行政机关申请法院强制执行的期限将会根据复议决定或法院判决的履行情况来确定。具体来说，如果复议决定或判决要求行政相对人履行某项义务，但相对人仍未履行，那么行政机关应根据相关法律文书确定的履行期限以及上述的一般规定，来判断何时可以申请强制执行。不过，在这种情况下，也通常不会超出原行政行为确定的可申请强制执行的期限范围（即自原法定期限届满之日起三个月内，除非有新的法律文书明确延长了履行期限）。
四、法律后果
如果行政单位超过了法定的申请期限向人民法院申请强制执行，人民法院将不予受理（除非有正当理由，如因不可抗力或其他障碍导致无法在法定期限内申请）。这意味着行政单位将失去通过司法途径强制执行行政决定的机会，可能需要采取其他合法手段来促使当事人履行义务。
总结与建议：
行政单位在申请法院强制执行时，必须严格遵守法律规定的期限和程序。为了确保行政行为的合法性和有效性，同时也为了避免因超过申请期限而失去强制执行的机会，我建议行政单位在作出行政决定后，及时告知当事人相关的复议和诉讼权利及期限，并在法定期限届满后尽快向法院申请强制执行。如果对具体的申请期限或程序有疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供详细的法律解答和帮助。