核心结论：遇到三方协议中缴款单位与银行主机记录不符的情况，需分步骤核实信息、联系相关方并视情况采取法律措施，具体如下：

1. 核实信息差异的具体内容
   首先需明确“不符”的具体表现：是缴款单位名称、账号、统一社会信用代码等关键信息错误，还是银行系统记录存在笔误或滞后更新？例如，若协议中单位名称与银行记录存在简称与全称差异（如“XX公司”与“XX有限责任公司”），可能需补充证明文件；若账号完全错误，则可能涉及协议主体变更或银行操作失误。
   操作建议：要求银行出具《账户信息查询单》，核对协议文本与银行系统记录的差异点，并留存书面证据。

2. 联系缴款单位确认协议效力
   若信息不符源于缴款单位自身原因（如单位更名、账号变更未通知），需立即与对方书面确认：

   • 要求缴款单位出具加盖公章的《情况说明》，明确原协议继续有效或需签订补充协议；
     
   • 若单位拒绝配合，需评估协议履行风险（如资金是否可能被退回、是否构成违约），并保留追究其责任的权利。
     法律依据：根据《民法典》第543条，当事人协商一致可变更合同；若因单位过错导致损失，可依据第577条要求赔偿。

3. 要求银行修正记录或出具证明
   若信息不符源于银行系统错误（如录入错误、数据未同步），需：

   • 向银行提交书面异议，要求其限期修正并出具《更正通知书》；
     
   • 若银行拒绝修正，可向当地银保监会或银行业协会投诉，或依据《商业银行法》第73条主张其承担民事责任。
     风险提示：银行修正记录前，资金可能无法正常划转，需提前与缴款单位协商替代支付方式。

4. 评估协议履行风险并制定预案
   若信息不符导致协议无法履行（如银行拒绝划款），需：

   • 立即书面通知其他两方，说明情况并要求限期解决；
     
   • 若逾期未解决，可依据协议中的“不可抗力”或“违约责任”条款主张解除合同或要求赔偿；
     
   • 同步准备诉讼材料（如协议文本、沟通记录、银行证明等），以备争议解决。
     实务建议：在协议中增加“信息变更通知义务”条款，可有效规避此类风险。

后续行动建议：

• 优先通过书面形式（邮件、函件）与各方沟通，保留证据；
  
• 若涉及跨境支付或大额资金，建议同步咨询金融法律专家；
  
• 如有进一步疑问，可直接向我提供协议文本及差异细节，我将协助分析风险点。