结论：保证期间可以约定为履行期限届满后三年，这样的约定是合法且有效的。
法律依据与分析
保证期间的约定自由：
- 根据《中华人民共和国民法典》第六百九十二条的规定，保证期间是确定保证人承担保证责任的期间，且该期间不发生中止、中断和延长。债权人与保证人可以自由约定保证期间，只要该约定不违反法律的强制性规定，并且不出现早于主债务履行期限或者与主债务履行期限同时届满等视为没有约定的情形。
- 因此，在保证合同中，债权人与保证人约定保证期间为履行期限届满后三年，是完全符合法律规定的，该约定具有法律效力。
未约定或约定不明确的情况：
- 若债权人与保证人在保证合同中没有约定保证期间，或者约定不明确，那么保证期间将依据法律规定来确定。对于一般保证和连带责任保证的保证人，其保证期间均默认为主债务履行期限届满之日起六个月。
- 但在此情况下，由于双方已经明确约定了保证期间为三年，所以不存在未约定或约定不明确的问题，应直接适用双方约定的保证期间。
保证期间的重要性：
- 明确约定保证期间对于保护债权人和保证人的合法权益至关重要。它有助于确保双方在债务履行过程中有明确的责任界限，减少因责任不明而产生的纠纷。
- 在约定保证期间时，双方应充分考虑债务的性质、金额、履行期限以及保证人的信用状况等因素，以确保保证期间的约定既合理又可行。
实际应用建议
明确约定保证期间：
- 在签订保证合同时，债权人与保证人应明确约定保证期间，并确保该约定符合法律法规的要求。避免使用模糊或不确定的语言，以免产生歧义或纠纷。
考虑保证人的信用状况：
- 在约定保证期间时，债权人应充分考虑保证人的信用状况。如果保证人的信用状况较差，债权人可以要求约定较长的保证期间，以增加保障。
注意保证期间的起算点：
- 保证期间的起算点应明确约定为主债务履行期限届满之日。如果主债务履行期限有变更或延长，双方应及时协商并调整保证期间的起算点，以确保保证期间的准确性。
及时行使权利：
- 在保证期间内，债权人应及时向保证人主张保证责任。如果债权人未在保证期间内行使权利，保证人将免除保证责任。因此，债权人应密切关注保证期间的届满情况，并及时采取行动。
如果在保证合同中约定保证期间为履行期限届满后三年，这样的约定是合法且有效的。在实际操作中，双方应明确约定保证期间，并考虑保证人的信用状况、保证期间的起算点等因素，以确保保证期间的约定既合理又可行。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。