民间借贷案件被起诉两年后是否可以申诉，需分情况讨论，关键在于是否超过法定申诉期限及是否存在法定申诉事由。以下是具体分析：

1. 若案件已进入执行阶段（判决已生效且对方已申请强制执行）
   根据《民事诉讼法》第246条，申请执行的期间为2年，自判决规定的履行期间最后一日起计算。若对方已申请执行且超过2年，您可主张执行时效抗辩，但需注意：

   • 执行时效不因起诉而中断，需自行举证证明对方未在时效内申请执行；
     
   • 若法院已立案执行，即使超过2年，法院仍可能依法执行（除非您能证明对方存在故意拖延等恶意情形）。

2. 若案件尚未进入执行阶段（判决已生效但未申请执行）
   您可通过申请再审主张权利，但需满足以下条件之一：

   • 新证据：发现原判决、裁定认定事实的主要证据是伪造的，或未经质证的证据；
     
   • 法律适用错误：原判决、裁定适用法律确有错误；
     
   • 程序违法：审判人员存在贪污受贿、徇私舞弊等违法行为；
     
   • 其他情形：如原判决遗漏或超出诉讼请求、剥夺辩论权利等。
     关键期限：再审申请应在判决生效后6个月内提出（特殊情形可延长），若超过期限，法院通常不予受理。

3. 若您想通过“申诉”推翻原判决（非再审程序）
   需明确：

   • “申诉”并非法律术语，通常指向检察院申请检察建议或抗诉，但需以“再审被驳回”或“法院逾期未处理再审申请”为前提；
     
   • 检察院审查期限为3个月，若认为判决确有错误，会向法院提出检察建议或抗诉，但最终是否改判仍由法院决定。

行动建议：

1. 立即梳理案件材料，确认判决生效时间、对方是否申请执行及执行进度；
   
2. 若存在法定申诉事由（如新证据、程序违法等），尽快准备再审申请书及相关证据，向原审法院或上一级法院提交；
   
3. 若再审申请被驳回，可向检察院申请监督，但需注意期限限制；
   
4. 若案件已执行完毕，可尝试通过执行异议、执行复议等程序主张权利，但成功率较低。

温馨提示：民间借贷案件申诉难度较大，需严格把握法定事由和期限。如有疑问，可直接向我提供案件细节（如判决时间、是否执行、申诉理由等），我会为您进一步分析。