在起诉离婚开庭时，法官询问被告为何要跟公司秘书发生不正常关系，主要是基于以下几个方面的考虑：

1. 了解婚姻破裂的具体原因：

   • 离婚案件的核心在于判断夫妻感情是否确已破裂，以及破裂的原因。法官询问此类问题，旨在深入了解导致婚姻关系紧张或破裂的具体行为或事件。被告与公司秘书的不正常关系，如果属实，很可能是导致夫妻感情破裂的重要因素之一。

2. 评估过错责任：

   • 在离婚案件中，如果一方存在过错行为（如重婚、与他人同居、实施家庭暴力等），这可能会影响到财产分割、子女抚养权归属以及损害赔偿等问题的判决。法官询问此类问题，有助于评估被告是否存在过错，以及过错的程度，从而为后续的判决提供依据。

3. 维护社会公序良俗：

   • 婚姻是社会的基本单元，维护婚姻的稳定和忠诚是社会公序良俗的重要组成部分。法官在审理离婚案件时，不仅关注夫妻双方的权益，也关注社会道德和伦理的维护。询问此类问题，可以视为法官对维护社会公序良俗的一种体现，通过法律手段对不道德行为进行一定的制约和惩罚。

4. 促进案件调解或和解：

   • 在离婚案件中，调解或和解是一种重要的解决方式。法官询问此类问题，有时也是为了了解双方的真实想法和态度，寻找调解或和解的可能性。如果被告能够认识到自己的错误并愿意改正，这可能为调解或和解创造有利条件。

针对此类情况，我给出以下建议：

• 如实陈述：

  • 如果被告确实存在此类行为，应当如实向法官陈述，不要隐瞒或歪曲事实。隐瞒或歪曲事实不仅可能影响案件的判决结果，还可能对被告的信誉和形象造成负面影响。

• 积极反思：

  • 无论判决结果如何，被告都应当积极反思自己的行为，认识到自己的错误并努力改正。这不仅有助于维护个人的道德形象，也有助于未来的人际关系和婚姻生活。

• 尊重法律程序：

  • 在离婚案件中，双方都应当尊重法律程序，配合法官的审理工作。不要试图通过不正当手段影响案件的判决结果，否则可能面临法律制裁。

如果在此过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。