结论：在法院有多起执行案件时，当事人确实可以选择先清偿未进入诉讼程序的债务，但这一选择并非没有限制和后果，需要综合考虑多个因素。
详细分析：
债务清偿的自主性：
- 从法律原则上讲，债务人有权自主决定其财产的分配和债务的清偿顺序，只要这种决定不违反法律法规的强制性规定，不损害其他债权人的合法权益。因此，当事人选择先清偿未进入诉讼程序的债务，在法律上是可行的。
执行程序中的优先权：
- 然而，在法院有多起执行案件的情况下，债务人的财产可能已经被法院查封、扣押或冻结，用于保障特定债权人的利益。此时，债务人不能随意处置这些财产，否则可能构成妨碍民事诉讼的行为，面临法律制裁。
- 如果债务人希望先清偿未进入诉讼程序的债务，需要与法院和已进入执行程序的债权人进行沟通，确保这种清偿不会损害其他债权人的利益，并获得法院的许可。
债权人的权益保护：
- 对于已进入诉讼程序或执行程序的债权人来说，他们可能已经投入了大量的时间、精力和金钱来追讨债务。如果债务人选择先清偿未进入诉讼程序的债务，可能会对这些债权人的权益造成损害。
- 因此，债务人在做出清偿决定时，需要充分考虑债权人的利益，避免引发不必要的法律纠纷。
法律后果的考量：
- 如果债务人未经法院许可，擅自处置已被查封、扣押或冻结的财产，用于清偿未进入诉讼程序的债务，可能会面临法院的处罚，包括但不限于罚款、拘留等。
- 此外，这种行为还可能影响债务人在其他案件中的信用和声誉，对其未来的经济活动产生不利影响。
建议：
- 与法院和债权人沟通：在做出清偿决定前，债务人应与法院和已进入执行程序的债权人进行充分沟通，了解他们的意见和诉求，确保清偿行为不会损害他们的利益。
- 寻求法律帮助：如果债务人对清偿顺序和方式存在疑问或担忧，可以寻求专业律师的帮助，了解相关法律法规和司法实践，制定合理的清偿方案。
- 遵守法律法规：无论债务人选择何种清偿方式，都必须遵守法律法规的强制性规定，不得损害其他债权人的合法权益，否则将面临法律制裁。
总结：在法院有多起执行案件时，当事人选择先清偿未进入诉讼程序的债务需要谨慎考虑多个因素，包括执行程序中的优先权、债权人的权益保护以及法律后果等。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。