结论：在协议书中，若对方已签字并盖手印，但身份证号码由甲方代为填写，这一行为在法律上并不直接导致协议无效，但可能引发关于协议真实性和完整性的争议。具体是否有效，需结合实际情况及相关法律规定进行综合判断。以下从多个角度进行分析：

1. 协议的真实性与完整性：

   • 身份证号码是确认协议双方身份的重要信息。若由甲方代为填写，可能引发对方对协议真实性的质疑，尤其是在发生纠纷时，对方可能主张身份证号码非其本人填写，从而否认协议的全部或部分内容。
   • 为确保协议的真实性和完整性，建议双方在签署协议时，应亲自填写所有必要信息，包括身份证号码，并签字盖手印确认。

2. 法律效力的认定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为的有效要件包括行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
   • 若甲方代为填写的身份证号码与对方实际身份证号码一致，且对方在签署协议时对此无异议，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则该协议通常具有法律效力。
   • 但若因身份证号码填写错误或对方事后否认，导致协议真实性受到质疑，则可能影响协议的法律效力。

3. 风险防范建议：

   • 为避免潜在的法律风险，建议在签署协议时，双方应亲自填写所有必要信息，并签字盖手印确认。若因特殊原因需由他人代为填写，应确保代为填写的内容得到对方的明确认可，并在协议中注明代为填写的情况。
   • 在签署协议前，双方应仔细阅读协议内容，确保对协议条款无异议。如有疑问或需要修改的地方，应及时与对方沟通并达成一致意见。
   • 签署协议后，双方应妥善保管协议原件，以备不时之需。

4. 后续行动建议：

   • 若已签署的协议中存在甲方代为填写身份证号码的情况，且对方对此提出异议或引发纠纷，建议及时与对方沟通协商，寻求解决方案。
   • 若协商无果，可考虑通过法律途径解决纠纷。在此过程中，应提供充分的证据证明协议的真实性和完整性，以及甲方代为填写身份证号码的合法性和合理性。

总结：虽然甲方代为填写身份证号码并不直接导致协议无效，但可能引发关于协议真实性和完整性的争议。为确保协议的法律效力和避免潜在的法律风险，建议双方在签署协议时亲自填写所有必要信息并签字盖手印确认。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。