租户让公司代付租金本身并不违法，但具体是否合规需结合租赁合同约定、公司财务制度及税务规定综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 合同约定角度

• 若租赁合同未明确禁止代付：租户有权委托第三方（包括公司）支付租金，法律不禁止此类行为。但需确保代付方（公司）实际支付了款项，且房东收到租金后出具收据或发票，避免后续纠纷。
• 若合同明确禁止代付：则租户让公司代付可能构成违约，房东有权依据合同要求租户直接支付，甚至解除合同。例如，合同中约定“租金必须由租户本人账户支付”，此时公司代付可能违反约定。

2. 公司财务与税务角度

• 公司代付的合法性：公司可以用自有资金代租户支付租金，但需符合公司财务制度。若公司无合理商业目的（如实际使用租赁房屋）而代付，可能被税务机关认定为“利益输送”或“虚假交易”，面临税务风险。
• 税务处理：公司代付租金后，若租户未向公司偿还，可能被视为公司对租户的借款或赠与。若为借款，需签订借款合同并约定利息；若为赠与，可能涉及个人所得税（如租户需缴纳赠与税，但中国目前未开征赠与税，但需关注未来政策变化）。此外，公司代付租金若未取得合法发票，可能无法在企业所得税前扣除。

3. 实际操作建议

• 租户角度：
  1. 提前与房东沟通，确认是否接受公司代付，并修改合同条款（如补充“租金可由租户委托第三方支付”）。
  2. 保留公司代付的凭证（如转账记录、委托付款协议），避免房东否认收到租金。
• 公司角度：
  1. 确保代付行为有合理商业目的（如公司实际使用租赁房屋），避免被认定为“关联交易”或“利益输送”。
  2. 完善财务流程，要求租户签署委托付款协议，并明确资金用途（如“代付租金”），避免税务风险。

4. 潜在法律风险

• 房东拒收租金：若房东以“合同未约定代付”为由拒收租金，租户可能构成违约，需承担逾期付款责任（如支付违约金）。
• 公司税务风险：若公司代付租金被税务机关认定为“非合理支出”，可能面临补税、罚款甚至刑事责任（如逃税罪）。

总结：租户让公司代付租金本身不违法，但需确保合同允许、公司财务合规且税务处理得当。建议租户与公司、房东提前沟通，签订书面协议，明确各方权利义务，避免后续纠纷。如有具体案件或合同条款需要分析，可直接向我咨询。