在互负债务相互抵消的情况下，执行费的收取需根据具体情况来分析，以下是详细说明：

1. 抵消发生在执行程序启动前

   • 如果双方当事人在执行程序启动前就已经自行达成债务抵消协议，并且该抵消符合法律规定（如债务性质、标的物种类、品质相同，且不存在依照法律规定或者按照合同性质不得抵消的情形等），那么实际上进入执行程序的债务金额已经因为抵消而减少或者消灭。
   • 在这种情况下，如果债务已经完全抵消，没有需要执行的债务金额，法院通常不会启动执行程序，也就不存在执行费的收取问题。如果只是部分抵消，那么执行费会按照剩余未抵消的债务金额来计算收取。执行费的计算一般按照《诉讼费用交纳办法》的规定，例如，执行金额或者价额不超过1万元的，每件交纳50元；超过1万元至50万元的部分，按照1.5%交纳；超过50万元至500万元的部分，按照1%交纳等。

2. 抵消发生在执行程序启动后

   • 经法院审查认可的抵消：在执行过程中，如果一方当事人提出债务抵消的主张，并且提供了充分的证据证明抵消的合法性和有效性，法院经审查认可后，会对执行标的金额进行相应调整。此时，执行费会按照调整后的执行标的金额重新计算。如果抵消后没有剩余执行金额，法院会裁定终结执行，已经收取的执行费可能会根据具体情况予以退还部分或者全部；如果仍有剩余执行金额，则按照剩余金额计算执行费。
   • 未经法院审查认可的抵消：如果一方当事人单方面主张债务抵消，但未经法院审查认可，执行程序会继续按照原生效法律文书确定的债务金额进行。在这种情况下，执行费会按照原执行标的金额计算收取。如果后续经过诉讼或者其他程序确认抵消有效，当事人可以依据相关生效法律文书向法院申请退还多收取的执行费。

举例说明：假设甲应向乙支付货款100万元，乙应向甲支付违约金50万元。在执行程序启动前，双方达成债务抵消协议，那么实际上甲只需向乙支付50万元。如果进入执行程序，执行费就会按照50万元来计算。如果在执行过程中，甲提出债务抵消主张，并提供了相关证据，法院审查后认可了抵消，此时执行标的金额变为50万元，执行费也会相应调整；如果法院未认可抵消，执行费会按照100万元计算，后续若抵消被确认有效，甲可申请退还多交的执行费。

总之，互负债务相互抵消后执行费的收取是一个比较复杂的问题，需要根据抵消发生的时间、是否经法院认可等多种因素来确定。如果你在这方面还有疑问，欢迎继续向我咨询。