若公司贷款已还清但被银行或相关机构错误定性为损失，公司应采取以下措施来维护自身权益并纠正该错误定性：

1. 核查贷款合同与还款记录：

   • 公司应首先仔细核查与贷款机构签订的贷款合同，确认合同中的还款条款、还款期限以及还款方式等关键信息。
   • 同时，整理并保存好所有还款记录，包括银行转账记录、收据、对账单等，以证明公司已按照合同约定履行了还款义务。

2. 与贷款机构沟通协商：

   • 在确认还款无误后，公司应主动与贷款机构取得联系，说明情况并提供相关证据，要求贷款机构重新审查并纠正错误的损失定性。
   • 在沟通过程中，公司应保持冷静和理性，以事实为依据，以法律为准绳，与贷款机构进行友好协商，寻求双方都能接受的解决方案。

3. 申请行政复议或提起行政诉讼（如涉及行政行为）：

   • 如果贷款机构的错误定性是基于某种行政行为（如税务部门的认定、监管机构的处罚等），且公司认为该行政行为违法或不当，公司可以在法定期限内向相关行政机关申请行政复议，要求撤销或变更该行政行为。
   • 若对行政复议结果不满，公司还可以依法向人民法院提起行政诉讼，通过司法途径维护自身合法权益。

4. 寻求法律救济（如涉及民事纠纷）：

   • 如果贷款机构的错误定性导致公司遭受了经济损失（如被要求额外支付费用、信用评级下降等），且双方无法通过协商达成一致，公司可以考虑向人民法院提起民事诉讼，要求贷款机构承担相应的民事责任。
   • 在提起诉讼前，公司应充分准备证据材料，包括贷款合同、还款记录、沟通协商记录等，以证明贷款机构的错误定性给公司造成了实际损失。

5. 加强内部管理，防范类似风险：

   • 公司在处理完此次事件后，应加强内部管理，完善贷款还款流程，确保未来能够准确、及时地履行还款义务。
   • 同时，公司还应加强与贷款机构的沟通与合作，建立良好的信用关系，降低类似风险的发生概率。