结论：在男方第二次起诉离婚且不同意调解的情况下，法官仍可能会打电话询问女方是否愿意调解，但这不是必须的程序，具体取决于案件情况和法官的判断。

分析说明：

1. 调解是离婚诉讼中的常规程序：

   • 在离婚诉讼中，调解是一个重要的环节。法院在受理离婚案件后，通常会先尝试进行调解，以希望双方能够达成和解，避免不必要的诉讼和冲突。这一程序旨在保护婚姻关系的稳定性，同时也为双方提供一个和平解决争议的机会。

2. 法官的调解职责：

   • 法官在离婚诉讼中扮演着调解者的角色。他们有权根据案件情况，决定是否进行调解，并可以主动询问双方是否愿意接受调解。这种询问并不局限于第一次起诉，即使在第二次起诉时，法官仍可能根据案件的具体情况，提出调解的建议。

3. 男方不同意调解不影响法官的询问：

   • 男方在第二次起诉时明确表示不同意调解，这并不影响法官对女方进行调解询问的权力。法官可能会认为，尽管男方不同意，但女方可能仍有调解的意愿，或者双方在某些问题上仍有协商的空间。因此，法官仍可能会打电话询问女方是否愿意调解。

4. 调解的自愿性：

   • 调解是基于双方自愿的原则进行的。如果女方也明确表示不愿意调解，或者双方在调解过程中无法达成一致意见，那么法官将不再继续调解程序，而是会依法进行审理并作出判决。

特殊场景：

• 如果案件中存在特殊情况，如一方存在严重过错、双方矛盾激烈且无调解可能等，法官可能会根据案件情况，直接跳过调解程序，进入审理阶段。

行动建议：

• 对于女方：如果接到法官的调解询问电话，应认真考虑自己的意愿和实际情况。如果愿意调解，可以积极与法官沟通，表达自己的调解意愿和条件；如果不愿意调解，也应明确告知法官，以便法官能够依法进行审理。
• 对于双方：无论是否愿意调解，都应保持冷静和理性，尊重法院的调解和审理程序。在调解或审理过程中，应如实陈述事实、提供证据，并遵守法庭纪律和规定。

法律背景：

• 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，离婚诉讼中，法院应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。这体现了调解在离婚诉讼中的重要地位和作用。