结论前置：结婚证在对方手中，并不影响您依法起诉离婚，您仍然可以通过合法途径维护自身权益。
详细分析：
在我国，离婚主要有协议离婚和诉讼离婚两种方式。当结婚证被对方持有时，这并不构成起诉离婚的实质性障碍。您可以通过以下途径来启动离婚诉讼程序：
申请补办结婚证：
- 您可携带本人身份证、户口本等相关证件，前往原办理婚姻登记的机关或一方常住户口所在地的婚姻登记机关申请补办结婚证。
- 婚姻登记机关会对您的婚姻登记档案进行查证，确认属实后，会为您补发结婚证。
- 补办完成后，您即可凭借补办的结婚证、起诉状、身份证以及相关证据材料，向有管辖权的法院提起离婚诉讼。
开具婚姻关系证明：
- 若补办结婚证不便，您可选择持本人身份证、户口本等材料，前往婚姻登记机关申请开具婚姻关系证明。
- 该婚姻关系证明与结婚证具有同等法律效力，能够作为证明双方婚姻关系的有效凭证。
- 凭借婚姻关系证明、起诉状、身份证及其他相关证据材料，您可向法院提起离婚诉讼。
提供其他证明材料：
- 在某些情况下，居委会、村委会出具的证明材料，或者双方生育子女的出生证明等材料，结合双方共同生活的事实证据，也可以辅助证明双方存在婚姻关系，从而提起离婚诉讼。
法律建议：
- 在提起离婚诉讼前，建议您充分了解相关法律法规及诉讼程序，以便更好地维护自己的合法权益。
- 您应确保所提供的材料真实有效，并符合法律法规的要求。虚假材料可能导致诉讼失败，甚至可能承担法律责任。
- 如果您在准备材料或诉讼过程中遇到任何困难，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。
可能法律后果：
- 如果您能够提供足够的证据证明婚姻关系的存在，法院将依法受理您的离婚诉讼，并根据双方的具体情况作出判决。
- 如果您无法提供足够的证据证明婚姻关系，或者提供的证据存在瑕疵，可能会影响法院对案件的受理或判决结果。
综上所述，结婚证在对方手中并不影响您通过合法途径起诉离婚。您可根据实际情况选择最适合自己的方式来启动离婚诉讼程序，并依法维护自身权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。