工程合同是受法律保护的，但具体是否受保护以及保护的程度，取决于合同的类型、内容以及签订和履行过程中的合法性。以下是对这一问题的详细分析：
一、合法有效的工程合同受法律保护
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关法律法规，工程合同作为民事合同的一种，只要双方意思表示真实、内容合法有效，且不违反法律、行政法规的强制性规定，就受到法律的保护。
合法有效的条件：
- 主体适格：合同双方应具备相应的民事行为能力，能够独立承担民事责任。例如，发包方和承包方需为依法登记注册的企业法人，具备相关工程建设资质。
- 意思表示真实：合同双方的意愿表达必须真实、自愿，无欺诈、胁迫、重大误解等情形。
- 内容合法：工程合同的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益及第三人合法权益。例如，合同中不得涉及非法转包、违法分包等违法行为。
二、不同类型工程合同的保护情况
建筑工程内部承包合同：
- 如果内部承包人必须是建筑施工企业的正式员工，双方存在合法的劳动关系，且合同内容合法、企业管理责任落实，那么该合同受法律保护。
- 若名为内部承包，实为转包或挂靠，即内部承包人与建筑企业不存在真实的劳动关系，仅仅是借用企业资质承接工程，这种合同会被认定无效，不受法律保护。
工程居间合同：
- 工程居间合同在符合相关法律法规规定，且双方意思表示真实、内容合法有效的前提下，是受到法律保护的。
- 若合同存在违法情形或恶意串通损害他人利益，如通过不正当手段干扰招标程序、故意抬高或压低工程造价等，则可能被认定为无效，不受法律保护。
无书面合同的工程承包：
- 即便没有签订书面合同，如果存在其他能够证明双方存在工程承包法律关系的证据，如事实合同关系、口头协议及相关书面文件等，双方的权益依然会受到法律的保障。但为了避免纠纷和举证困难，强烈建议签订书面合同。
三、签订工程合同时的建议
仔细审查合同条款：
- 确保内容真实、合法、有效，明确双方的权利和义务，特别是关于工程价款、付款方式、工期、质量标准等关键条款。
确认对方主体的合法性及资质情况：
- 避免与不具备相应资格的主体签订合同，以降低法律风险。
保留好相关证据材料：
- 如合同文本、沟通记录、支付凭证等，以便在发生纠纷时维护自身权益。
举例说明：假设某建筑公司与一家具备相应资质的承包商签订了一份工程合同，合同内容合法、双方意思表示真实，且建筑公司对承包商进行了实质性的管理和监督。在这种情况下，该工程合同是受法律保护的。如果承包商在施工过程中违反了合同约定或法律法规，建筑公司有权依据合同和相关法律法规追究其责任。
总结与建议：工程合同在合法有效的前提下是受法律保护的。为了确保合同的合法有效性和双方权益的最大化保护，建议在签订工程合同时务必仔细审查合同条款、确认对方主体的合法性及资质情况，并保留好相关证据材料。如果你有任何关于工程合同的具体问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。