土地承包经营权纠纷与土地侵权责任纠纷在民事诉讼中的主要区别体现在以下几个方面：
纠纷性质与基础法律关系
- 土地承包经营权纠纷：这主要涉及到土地承包经营权的设立、变更、转让、继承或终止等过程中产生的争议。其基础法律关系是土地承包经营权合同关系，即发包方与承包方之间基于土地承包合同而产生的权利义务关系。例如，因承包地调整、承包合同履行、承包地收回等问题引发的纠纷。
- 土地侵权责任纠纷：这则是指因侵犯他人土地承包经营权而引发的责任争议。其基础法律关系是侵权责任关系，即一方未经许可，擅自侵占、使用、收益或处分他人土地承包经营权，导致对方权益受损，从而引发的赔偿等责任争议。例如，未经允许在他人承包地上种植作物、建造建筑物等行为。
纠纷主体与诉讼请求
- 土地承包经营权纠纷：主体通常是发包方与承包方，或者承包方之间因土地承包经营权产生的争议。诉讼请求可能涉及确认土地承包经营权、要求履行承包合同、解除承包合同、赔偿因合同违约造成的损失等。
- 土地侵权责任纠纷：主体则是一方为土地承包经营权人，另一方为侵权人。诉讼请求主要是要求侵权人停止侵害、排除妨碍、恢复原状、赔偿损失等。
法律适用与证据要求
- 土地承包经营权纠纷：主要适用《中华人民共和国农村土地承包法》等相关法律法规，证据要求通常围绕土地承包合同的签订、履行、变更等情况展开，如承包合同、土地承包经营权证、相关会议记录等。
- 土地侵权责任纠纷：则主要适用《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的规定，证据要求则侧重于证明侵权行为的存在、侵权后果的严重性以及侵权行为与损害后果之间的因果关系，如现场照片、视频、证人证言、鉴定报告等。
纠纷解决方式与程序
- 土地承包经营权纠纷：在解决方式上，除了诉讼外，还可以通过协商、调解、仲裁等方式解决。在诉讼程序中，可能涉及土地承包经营权确认、合同效力认定等复杂问题。
- 土地侵权责任纠纷：则通常直接通过诉讼方式解决，程序上可能更侧重于侵权行为的认定、损害赔偿的计算等。
举例说明：
- 假设甲村将一块土地承包给乙，后因乙未按约定用途使用土地，甲村欲收回土地，双方因此产生争议。这属于土地承包经营权纠纷，应适用农村土地承包法相关规定，通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。
- 再假设丙未经乙允许，在乙的承包地上种植了作物，乙发现后要求丙停止侵害并赔偿损失。这则属于土地侵权责任纠纷，应适用民法典中关于侵权责任的规定，乙可以通过诉讼要求丙承担侵权责任。
总结与建议：
在处理涉及土地承包经营权与土地侵权责任的纠纷时，应首先明确纠纷的性质与基础法律关系，以便选择合适的法律适用与纠纷解决方式。同时，注意收集并保存相关证据，以支持自己的诉讼请求或抗辩理由。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。