在一般农田上建设厂房并使其合法化，是一个需要严格遵循法律法规和程序的过程。以下是我为您详细梳理的步骤和建议，希望能帮助您更好地理解和操作：
一、明确土地性质与规划
核查土地利用总体规划：
- 您需要前往当地自然资源部门，查询土地利用总体规划图，确认该地块是否为一般农田，并了解其未来是否有调整为建设用地的规划。
查看城乡规划：
- 同时，要确认该地块是否符合城乡建设规划的要求，特别是关于工业用地的布局和规划。
二、申请土地使用权变更
提出申请：
- 如果地块符合建设用地规划，建设单位需持建设项目的有关批准文件，向市、县人民政府自然资源主管部门提出农用地转用申请。
- 提交相关材料，如建设项目用地预审与选址意见书、项目可行性研究报告等。
逐级上报审批：
- 自然资源主管部门会对申请进行审查，并拟订农用地转用方案等，然后逐级上报至有批准权的人民政府批准。
三、办理相关手续
建设用地规划许可证：
- 在获得土地使用权变更批准后，需进一步办理建设用地规划许可证，确保建设项目与当地的土地利用规划和城市发展计划相一致。
落实耕地占补平衡：
- 如果占用了一般农田，建设单位需按照“占多少，垦多少”的原则，开垦新耕地或参与土地整治项目，以实现耕地占补平衡。
环境影响评价：
- 根据法律法规要求，建设项目可能需进行环境影响评价，提交环境影响报告书或报告表，并经过专家评审和公众参与等环节。
建筑工程施工许可：
- 在完成前述步骤后，需向当地建设行政主管部门申请建筑工程施工许可，提供施工图纸、施工方案及相关安全和质量保证措施。
完善建设用地相关手续：
- 取得建设用地批准书，办理土地出让或划拨手续，并最终办理不动产权证书。
四、遵守其他相关规定
- 在建设过程中，还需严格遵守消防安全、环保设施、劳动保护等方面的法律法规和规章制度，确保项目的合法性和安全性。
五、特别提醒与建议
咨询专业律师或机构：
- 由于土地和建设法规的复杂性，建议在整个过程中咨询专业的律师或相关机构，以获取具体的法律建议和指导，确保每一步都符合法律法规要求。
考虑替代方案：
- 如果一般农田转变为建设用地的过程复杂或耗时较长，您可以考虑在其他合适位置寻找建厂地点，确保新址的合法性和符合产业规划及环保要求。
接受处罚与补救：
- 如果厂房建设已经违反了土地管理法规，您可能需要接受相关部门的处罚，如罚款等。在采取补救措施前，务必了解并接受可能的法律后果。
综上所述，让一般农田上的厂房合法化是一个复杂而严谨的过程。通过仔细准备和严格执行相关法律法规和程序要求，您可以确保项目的合法性和可持续发展。希望这些建议能对您有所帮助！