刑法第九十一条第二款确实包括事业单位。以下是对这一问题的详细解释：

1. 法律条款解析：

   • 刑法第九十一条第二款规定：“在国家机关、国有公司、企业、集体企业和人民团体管理、使用或者运输中的私人财产，以公共财产论。”这一条款明确将国有公司、企业等组织管理、使用或运输中的私人财产视为公共财产。
   • 事业单位作为由国家机关举办或者其他组织利用国有资产举办的，从事教育、科技、文化、卫生等活动的社会服务组织，其性质与国有公司、企业等具有相似性，即都涉及国有资产的管理和使用。因此，在事业单位管理、使用或运输中的私人财产，同样可以依据刑法第九十一条第二款的规定，以公共财产论。

2. 事业单位的性质与地位：

   • 事业单位虽然不属于国家机关，但它是国家为了社会公益目的，由国家机关举办或者其他组织利用国有资产举办的。这意味着事业单位在运营过程中，往往涉及国有资产的管理和使用。
   • 事业单位在法律上具有一定的独立地位，但其活动往往受到国家的监管和指导。因此，在事业单位管理、使用或运输中的私人财产，其性质和地位与国有公司、企业等组织中的私人财产相似，都受到刑法的保护。

3. 实际应用与案例：

   • 在实际案例中，如果事业单位在管理、使用或运输私人财产过程中发生违法行为，如侵占、挪用等，这些行为将可能构成对公共财产的犯罪，从而受到刑法的制裁。
   • 例如，如果某事业单位的工作人员利用职务之便，将单位管理、使用中的私人财产非法占为己有，这一行为就可能构成贪污罪，因为该财产在刑法上被视为公共财产。

法律建议：

• 对于事业单位而言，应加强对私人财产的管理和监督，确保财产的安全和合规使用。
• 对于个人而言，如果与事业单位发生财产纠纷或发现事业单位存在违法行为，应及时向相关部门举报或寻求法律帮助。

如有任何进一步的问题或需要更详细的法律解释，请直接向我咨询。