股东入股后未转入股金，公司可采取以下措施处理：

1. 核查入股协议与章程条款
   首先需审查股东签署的入股协议及公司章程，确认其中是否明确约定了股金缴纳的时间、方式及违约责任。若协议中已约定具体期限（如“自协议签署之日起30日内缴纳”），而股东未按期履行，则构成违约，公司有权依据协议要求其承担违约责任（如支付违约金、赔偿损失等）。

2. 催告股东履行出资义务
   若协议未明确期限或股东逾期未缴，公司应通过书面形式（如律师函、催告函）正式通知股东限期缴纳股金，并保留送达证据（如邮寄回执、电子签名记录）。催告内容需明确：

   • 股东应缴纳的金额及账户信息；
     
   • 缴纳的最后期限（建议设定合理期限，如15-30日）；
     
   • 逾期未缴的后果（如解除入股协议、限制股东权利等）。

3. 限制股东权利或解除入股资格

   • 限制权利：若股东部分出资或逾期出资，公司可通过股东会决议限制其表决权、分红权等权利，直至其完全履行出资义务。法律依据为《公司法》第34条（股东按实缴出资比例分取红利）及第42条（股东会会议由股东按出资比例行使表决权，但章程另有规定除外）。
     
   • 解除资格：若股东经催告后仍拒绝出资，公司可依据入股协议或章程约定解除其股东资格，并办理减资或由其他股东或第三方受让该部分股权。需注意：若涉及减资，需按《公司法》第177条履行通知债权人、公告等程序，避免法律风险。

4. 追究违约责任或提起诉讼

   • 若股东行为给公司造成损失（如错失投资机会、运营资金短缺），公司可要求其赔偿实际损失。
     
   • 若股东拒不履行且协商无果，公司可向法院提起诉讼，请求判令股东缴纳股金及违约金，或确认解除其股东资格。诉讼中需提供入股协议、催告记录、公司损失证明等证据。

5. 特殊情形处理

   • 非货币出资：若股东以实物、知识产权等非货币财产出资，需评估作价并办理财产权转移手续。若未履行，公司可要求其交付财产或补足差额，并可对其他股东承担违约责任（《公司法》第28条）。
     
   • 抽逃出资：若股东已缴纳股金后又转移资金，公司可依据《公司法》第35条要求其返还出资，并可对协助抽逃出资的其他股东、董事、高管等连带追责。

建议行动步骤：

1. 立即核查入股协议及章程，明确权利义务；
   
2. 发送书面催告函，固定证据；
   
3. 召开股东会决议限制权利或解除资格（需按章程或法律规定表决比例通过）；
   
4. 协商无果后，及时启动诉讼或仲裁程序。
   

若涉及复杂情形（如跨境投资、国有股权等），建议进一步提供细节以便针对性分析。