村书记被判缓刑二十几年后被纪委查到，一般会根据具体情况进行严肃处理，具体处理方式需结合其缓刑考验期内的表现、违纪违法事实及现行法律规定综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 缓刑考验期内的表现与撤销缓刑
   根据《刑法》第七十七条，被宣告缓刑的犯罪分子，在缓刑考验期内若违反法律、行政法规或国务院有关部门关于缓刑的监督管理规定，或违反人民法院判决中的禁止令，情节严重的，应当撤销缓刑，执行原判刑罚。

   • 若村书记在缓刑考验期内（通常为原判刑期以上五年以下，但不超过五年）存在上述情形，纪委查实后，司法机关将依法撤销缓刑，收监执行原判刑罚（如有期徒刑）。
     
   • 若缓刑考验期已满（二十几年远超法定最长期限），原判刑罚不再执行，但若其在考验期内有未被发现的违法行为，仍可能因新证据被追责。

2. 违纪违法事实的独立追责
   纪委的调查重点在于党员干部的违纪违法行为，与刑事判决的缓刑状态无直接关联。即使缓刑考验期已满，若村书记存在以下行为，仍可能面临纪律处分或刑事追责：

   • 违纪行为：如贪污、受贿、滥用职权等违反党纪的行为，纪委将依据《中国共产党纪律处分条例》给予警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看或开除党籍等处分。
     
   • 违法行为：若其行为涉嫌新的犯罪（如职务犯罪），司法机关将依法立案侦查，追究刑事责任。此时，原缓刑判决不影响新罪的独立审判，但可能作为量刑情节考虑。

3. 历史判决与现行法律的衔接

   • 若村书记的缓刑判决系二十几年前作出，需核查当时法律对缓刑的规定（如1979年《刑法》与1997年《刑法》的差异）。若原判决符合当时法律，一般不因法律修订而追溯调整。
     
   • 但若其缓刑考验期内存在违法行为未被处理，或新发现的犯罪行为与原判有关联（如漏罪），可能依据《刑法》第七十条（数罪并罚）或第七十七条（撤销缓刑）重新处理。

4. 实务中的综合处理路径

   • 纪委调查阶段：纪委将先调查其违纪事实，根据情节轻重给予党纪处分；若涉及犯罪，将移送司法机关。
     
   • 司法处理阶段：司法机关将审查其缓刑考验期内的表现及新发现的犯罪事实，决定是否撤销缓刑、执行原判刑罚或对新罪单独审判。
     
   • 结果叠加：最终处理结果可能是党纪处分与刑事处罚并处（如开除党籍+有期徒刑），具体需结合案件细节。

建议：若您或他人涉及此类情况，建议尽快整理相关法律文书（如原判判决书、缓刑考验期表现证明等），并委托专业律师协助分析案件细节，制定应对策略。法律问题需结合具体证据和程序处理，切勿仅凭片段信息自行判断。