针对旅游客车出租跑专一路线接送工厂员工且超员百分之二以上的情况，处罚主要依据超员的严重程度以及相关法律法规的规定来进行，具体如下：
行政处罚：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，公路客运车辆载客超过额定乘员的，将面临二百元以上五百元以下的罚款；若超过额定乘员百分之二十或者违反规定载货的，则处以五百元以上二千元以下的罚款。在您所描述的情况中，超员百分之二以上，若未达到百分之二十，则通常面临二百元以上五百元以下的罚款；若接近或超过百分之二十，则可能面临更重的罚款，即五百元以上二千元以下。
- 除了罚款外，公安机关交通管理部门还会扣留机动车至违法状态消除，即要求车辆卸载超员乘客，直至车辆载客量符合规定后才能继续行驶。
- 对于超员行为，交通管理部门还可能对驾驶人进行记分处理，具体记分分值根据超员的严重程度而定，一般超员行为会记3分至12分不等。
刑事责任：
- 在极端情况下，如果超员行为导致了严重的交通事故，如造成人员伤亡或重大财产损失，那么驾驶人可能构成交通肇事罪，需要承担刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，违反交通运输管理法规，因而发生重大事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役；交通运输肇事后逃逸或者有其他特别恶劣情节的，处三年以上七年以下有期徒刑；因逃逸致人死亡的，处七年以上有期徒刑。
其他后果：
- 超员行为还可能影响车辆的保险理赔。在发生交通事故时，保险公司可能会根据超员情况拒绝或减少赔偿，因为超员增加了事故的风险和损失的可能性。
- 对于旅游客车出租公司或工厂而言，如果频繁发生超员行为，还可能面临交通管理部门的重点监管和处罚，甚至可能影响公司的运营资质和声誉。
建议：
- 作为驾驶人或车辆管理方，应严格遵守道路交通安全法律法规，确保车辆不超员行驶，以保障乘客和自身的安全。
- 如果发现超员行为，应及时纠正并卸载超员乘客，避免因此面临行政处罚或刑事责任。
- 对于工厂而言，应加强对员工上下班交通方式的管理和监督，确保员工乘坐的车辆符合安全标准，避免因此引发不必要的法律风险和安全隐患。
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