结论：针对您描述的情况，分手后的男友违背女方意愿发生关系后签订流产补偿协议，现拒付补偿，女方可以通过法律途径来维护自己的权益。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律角度分析
性行为合法性：
- 违背女方意愿发生关系，可能构成强奸罪（如果情节严重，符合强奸罪的构成要件）。但此点主要涉及刑事责任，与后续的流产补偿协议民事纠纷是两个独立的法律关系。不过，这一行为可以作为女方在民事诉讼中主张权益的背景情况。
流产补偿协议的效力：
- 流产补偿协议是双方自愿签订的，只要协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方具备完全民事行为能力，该协议即具有法律效力。
- 男方拒付补偿，构成违约，女方有权要求男方按照协议约定履行支付补偿的义务。
二、维权途径
协商：
- 女方可以尝试与男方进行协商，看是否能够达成和解，让男方自愿支付补偿。
调解：
- 如果协商无果，女方可以寻求第三方调解机构的帮助，如人民调解委员会等，进行调解。
诉讼：
- 如果调解也未能解决问题，女方可以向人民法院提起诉讼，要求男方按照流产补偿协议的约定支付补偿。
- 在诉讼过程中，女方需要提供流产补偿协议、相关证据（如医疗记录、聊天记录等）来证明自己的主张。
三、可能面临的法律后果
如果男方被判支付补偿：
- 男方需要按照法院判决或调解书的约定支付补偿给女方。
- 如果男方拒不履行，女方可以申请法院强制执行。
如果协议被认定无效或可撤销：
- 在极少数情况下，如果流产补偿协议被认定存在无效或可撤销的情形（如一方欺诈、胁迫等），则协议可能不会被法院支持。但这种情况需要女方提供充分的证据来证明。
- 即便协议无效或可撤销，女方仍可能基于其他法律关系（如侵权责任）向男方主张一定的赔偿。
四、建议
保留证据：
- 女方应妥善保留与流产补偿协议相关的所有证据，包括协议本身、医疗记录、聊天记录等，以备不时之需。
及时咨询：
- 在处理此类问题时，女方应及时咨询专业律师，了解自己的权益和可能的法律后果，以便做出更明智的决策。
理性维权：
- 女方在维权过程中应保持理性，避免采取过激行为，以免给自己带来不必要的麻烦。
作为专注于婚姻家庭领域的律师，我建议您在处理此类问题时务必谨慎，并尽快咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。