结论前置：结算时修改投标预算是否违法需分情况讨论，若在投标有效期内未经法定程序修改则涉嫌违法；若在合同履行阶段经双方协商一致修改则合法。以下是具体分析及处理建议：

一、违法情形及法律后果

1. 投标阶段擅自修改预算
   根据《招标投标法》第二十三条，投标人在招标文件要求提交投标文件的截止时间前，可以补充、修改或撤回已提交的投标文件。但若在投标截止后擅自修改预算，属于对投标文件的实质性变更，可能构成《招标投标法》第五十四条规定的“弄虚作假、骗取中标”行为，面临中标无效、罚款（项目金额5‰-10‰）、没收违法所得，甚至吊销营业执照等处罚。

2. 合同履行阶段单方修改预算
   若中标后未经对方同意单方修改结算预算，可能违反《民法典》第五百零九条“全面履行合同义务”原则，构成违约。对方有权要求按原合同结算，并可主张违约金或赔偿损失。

二、合法修改预算的情形及程序

1. 双方协商一致修改
   在合同履行过程中，因设计变更、工程量增减等客观原因需调整预算的，应通过补充协议明确修改内容。根据《民法典》第五百四十三条，经双方协商一致可变更合同，但需注意：

   • 修改内容需具体明确（如工程量、单价、总价等）；
   • 涉及政府采购或工程项目的，需按财政部门规定履行审批或备案程序。

2. 法定情形下的修改
   若因不可抗力（如自然灾害、政策调整）导致成本大幅变化，可依据《民法典》第五百三十三条主张情势变更，通过诉讼或仲裁请求变更或解除合同。但需提供充分证据证明成本变化与不可抗力的因果关系。

三、实务处理建议

1. 立即停止违法行为
   若发现修改行为涉嫌违法，应立即停止并评估法律风险。例如：

   • 若在投标阶段，可撤回原投标文件并重新提交合法文件；
   • 若在合同履行阶段，应主动与对方协商补签协议，避免单方修改。

2. 固定证据并协商解决

   • 保留修改前后的预算文件、沟通记录、审批流程等证据；
   • 优先通过协商解决争议，可邀请第三方机构（如造价咨询公司）出具评估报告作为谈判依据。

3. 法律救济途径

   • 若协商无果，可依据合同约定申请仲裁或提起诉讼；
   • 若对方涉嫌违法（如串通投标、商业贿赂），可向行政监督部门（如发改委、住建部门）举报。

提示：预算修改涉及商业利益与法律风险的平衡，建议根据具体场景（如政府采购、民营企业项目）选择合规路径。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。