结论：针对您提出的“商家责任，退运费被系统抵扣了怎么办”的问题，这主要涉及到商家与消费者之间的合同纠纷以及运费退还的责任归属问题。以下是从不同角度为您进行的分析和建议。
一、合同纠纷与运费退还责任
合同条款的审查：
- 首先，您需要仔细审查与商家签订的货物买卖合同，特别是关于退换货及运费承担的相关条款。如果合同中明确规定了退换货时运费由商家承担，那么商家无权将运费从退款中抵扣。
- 如果合同中没有明确规定或规定不明确，那么根据《中华人民共和国民法典》中关于合同履行的原则，商家应当按照公平、合理的原则来处理运费问题。
商家的责任：
- 如果是因为商家的原因（如商品质量问题、发错货等）导致您需要退换货，那么商家应当承担退换货的运费。这是商家的基本责任，也是保障消费者权益的重要体现。
- 如果商家拒绝承担运费或擅自将运费从退款中抵扣，您有权要求商家进行纠正，并可以通过法律途径来维护自己的合法权益。
二、运费被系统抵扣的解决途径
与商家协商：
- 您首先可以尝试与商家进行沟通，说明运费应当由商家承担的理由，并要求商家将抵扣的运费退还给您。
- 在协商过程中，您可以保留好相关的聊天记录、订单信息等证据，以备不时之需。
向平台投诉：
- 如果与商家协商无果，您可以向购物平台进行投诉。购物平台通常会有专门的客服团队来处理此类纠纷，并会根据平台规则对商家进行相应的处罚。
- 在投诉时，您需要提供详细的订单信息、聊天记录等证据，以便平台能够更快地了解情况并作出处理。
法律途径：
- 如果以上途径均无法解决问题，您还可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。您可以向当地的消费者协会或市场监管部门进行投诉，或者向法院提起诉讼。
- 在采取法律途径时，您需要准备好相关的证据材料，如合同、订单信息、聊天记录、支付凭证等，以便在诉讼过程中证明自己的主张。
三、建议与注意事项
保留证据：
- 在处理此类纠纷时，保留好相关的证据材料至关重要。无论是与商家的聊天记录、订单信息还是支付凭证等，都应当妥善保存，以便在需要时能够提供有力的证明。
了解平台规则：
- 不同的购物平台可能有不同的规则和处理流程。在处理纠纷前，您最好先了解清楚平台的规则和处理流程，以便能够更有效地维护自己的权益。
理性维权：
- 在维权过程中，您应当保持理性、冷静的态度，避免采取过激的行为或言辞。通过合法、合理的途径来维护自己的权益才是最有效的。
如果您在处理此类纠纷过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。