工厂停业整顿期间，是否需要给员工发工资以及如何发放，需根据停业整顿的时间长度和员工是否提供正常劳动来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、停业整顿在一个工资支付周期内
法律依据：
- 根据《工资支付暂行规定》第十二条，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。
实例说明：
- 假设某工厂的工资支付周期为每月1日至月底，若该工厂从5月10日开始停业整顿，那么在5月1日至5月31日这个工资支付周期内，工厂必须按照劳动合同约定的标准，向员工足额支付工资。这意味着，员工的基本工资、岗位工资等固定组成部分应照常发放。
二、停业整顿超过一个工资支付周期
员工提供正常劳动的情况：
- 法律依据：此时用人单位支付给劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
- 实例说明：若当地最低工资标准为每月2000元，工厂停业整顿超过一个月后，员工继续正常上班提供劳动，那么工厂支付给该员工的月工资就不得低于2000元。
员工未提供正常劳动的情况：
- 法律依据：应按国家有关规定办理，通常按照不低于当地最低工资标准的一定比例（如70%-80%，具体比例依地区规定而定）或不低于当地的最低生活保障支付生活费。
- 实例说明：若某地规定用人单位应按照不低于当地最低工资标准的70%支付生活费，且当地最低工资标准为每月2000元，那么工厂在停业整顿超过一个月且员工未提供正常劳动的情况下，每月需向员工支付的生活费至少为2000×70%=1400元；若该地有最低生活保障标准且高于此数额，则应按最低生活保障标准支付。
三、特殊情况说明
劳动合同约定：
- 若劳动合同中有明确条款（如“停业整顿期间工资按XX标准支付”），则依约定执行。
经济性裁员：
- 若停业整顿导致劳动合同无法履行且无法恢复，可能触发经济性裁员程序，需依法支付经济补偿金（N倍月工资，N为工作年限）。
员工主动离职：
- 员工有权选择解除劳动合同并要求支付已提供劳动的工资及经济补偿金（如有）。
四、操作建议
书面通知：
- 工厂应向员工说明停业整顿的原因、期限及工资支付方式，避免争议。
保留证据：
- 工厂应记录考勤、工作安排等，证明员工是否提供劳动。
法律咨询：
- 在复杂情况下，工厂或员工如有疑问，可直接向我咨询，以确保合规并维护自身权益。
五、总结与风险提示
- 核心原则：保障员工基本生活需求，避免违法克扣工资。
- 关键区分：以“一个工资支付周期”为界，分别适用全额支付和协商支付规则。
- 风险提示：未按规定支付工资可能导致劳动仲裁或行政处罚，工厂应严格遵守相关法律法规。
综上所述，工厂停业整顿期间的工资发放问题需综合考虑多种因素，并严格遵循相关法律法规的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。