摩托车短尾改装是违法的。以下是对此问题的详细法律分析：
一、法律依据
《中华人民共和国道路交通安全法》第十六条：
- 明确规定任何单位或个人不得擅自改变机动车已登记的结构、构造或特征。摩托车改短尾显然改变了摩托车的原始设计和结构，与行驶证上的外观描述不符，若未进行备案登记，即构成非法改装。
《机动车登记规定》的相关条款：
- 规定了机动车变更登记的情形，但摩托车改短尾并不属于这些允许的改动范围。因此，这种改装行为被视为非法。
二、非法改装的后果
年检无法通过：
- 非法改装摩托车，包括改短尾，将直接导致车辆年检不合格，无法合法上路行驶。
面临处罚：
- 被交警查处后，车主将面临驾驶证扣分的处罚。具体来说，如果改装短尾遮挡了号牌，将被扣9分；若因此违反禁令标志或禁止标线指示，还将再扣1分。同时，还可能受到警告或不超过200元的罚款。
安全隐患增加：
- 非法改装会破坏摩托车的原有平衡和稳定性，影响操控性，特别是在高速行驶、急转弯或紧急制动时，风险显著增加。此外，改动尾部还可能影响制动系统的正常工作，削弱制动效果，延长制动距离，对行车安全构成严重威胁。
三、具体危害分析
操控稳定性受损：
- 摩托车的尾部设计对车辆的整体平衡至关重要。改短尾会改变重心分布，使车辆更易失控。
制动效果受影响：
- 尾部改动可能干扰制动部件的正常工作，导致制动性能下降。
对其他交通参与者造成干扰：
- 改短尾可能影响尾灯、转向灯等安全标识和信号装置的位置、角度或亮度，使后方车辆难以准确判断摩托车的行驶意图和状态，增加交通事故的风险。
四、合法改装建议
为了满足个性化需求同时确保合规性，车主在进行改装时应遵循以下建议：
性能方面：
- 可以更换高性能火花塞、正规合格的氙灯等，但不得改变发动机排量或进行动力提升。
外形方面：
- 可以在车身上贴纸、加装不影响安全驾驶的塑料护手、牌照框等，但不得改变车身颜色、加装爆闪灯或增大排气管。
重要前提：
- 任何改装都需在改装前到车辆登记部门申请更改机动车信息，并获得批准后才能进行。
总结与建议：摩托车改短尾是明确的违法行为，不仅面临法律处罚，还存在严重的安全隐患。作为车主，应严格遵守相关法律法规，确保车辆的合规性和安全性。如果对摩托车改装有任何疑问或需求，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律建议和指导。