公司无权扣除在职员工档案。

档案是记录个人经历、政治面貌、品德作风等情况的文件材料，对于个人来说具有极其重要的意义。在职员工的档案更是其职业生涯的重要组成部分，涉及到个人的工作记录、职称评定、社保缴纳等多个方面。

从法律角度来看，《企业职工档案管理工作规定》以及《中华人民共和国劳动合同法》均明确规定了单位在员工离职后的档案转移义务。具体来说，当企业职工调动、辞职、解除劳动合同或被开除、辞退时，职工所在单位应在规定时间内将其档案转交至新的工作单位或户口所在地的相关劳动部门。这一规定确保了劳动者的合法权益不受侵害，也体现了法律对劳动者个人信息的保护。

对于在职员工而言，其档案更是应当得到妥善保管和及时更新的。公司如果无故扣除或扣留员工档案，不仅违反了法律规定，也损害了员工的合法权益。员工可以依法向当地的劳动监察部门进行投诉或举报，甚至依法向当地人民法院申请强制执行，以确保自身权益得到维护。

因此，公司无权扣除在职员工档案，这是法律规定的明确义务，也是保护劳动者合法权益的重要体现。如果公司违反了这一规定，将面临相应的法律责任。