折扣店未被旗舰店起诉侵权，可能涉及多种情况和原因，以下从几个角度为你详细分析：
侵权行为的认定存在难度
- 商标相似度与混淆可能性：根据《中华人民共和国商标法》第五十七条，商标侵权需满足“未经商标注册人的许可，在同一种商品上使用与其注册商标相同的商标，或在类似商品上使用与其注册商标近似的商标，且容易导致混淆”的条件。若折扣店销售的商品虽使用近似商标，但未达到“容易导致混淆”的程度（如商标设计差异显著、商品类别差异大），则可能不构成侵权。
- 商品来源的合法性：若折扣店能证明其销售的商品来自合法渠道（如通过正规经销商进货），且未对商品进行任何修改或伪造，可能不构成直接侵权。此时，权利人更可能追究上游供应商的责任，而非终端销售者。
旗舰店未采取法律行动的原因
- 诉讼成本与收益权衡：商标侵权诉讼需投入时间、金钱和精力，若折扣店规模较小、销售金额较低，旗舰店可能认为诉讼成本高于预期赔偿，选择通过警告函、协商等方式解决。
- 商业策略考虑：旗舰店可能更关注打击大规模制假售假行为，对小型折扣店采取“容忍”态度，以维护品牌形象或避免过度消耗资源。
- 证据收集不足：若旗舰店缺乏充分证据证明折扣店存在侵权行为（如进货渠道合法、商标使用未混淆等），可能选择暂不起诉。
折扣店可能存在的合法抗辩理由
- 合理使用：若折扣店使用商标仅用于描述商品特征（如“兼容某品牌配件”），且未误导消费者，可能构成合理使用，不构成侵权。
- 在先权利：若折扣店能证明其使用商标的时间早于旗舰店注册商标的时间，可能主张在先权利抗辩。
- 平行进口：若折扣店销售的商品是合法生产的正品，仅因跨国流通导致价格差异（如“水货”），可能不构成侵权，但需符合特定条件（如商标权用尽原则）。
法律程序与实际操作的复杂性
- 管辖权问题：若折扣店与旗舰店位于不同地区，诉讼可能涉及跨地域管辖，增加维权难度。
- 执行难度：即使旗舰店胜诉，若折扣店无足够财产可供执行，判决可能难以实际履行，影响维权积极性。
建议与后续行动：
- 若你是旗舰店：建议先通过律师函警告、协商等方式解决，若无效再考虑诉讼；同时加强市场监测，收集充分证据（如进货单据、商品对比图等）。
- 若你是折扣店：建议确保商品来源合法，避免使用与注册商标近似的标识；若收到警告函，及时咨询律师评估风险，必要时与权利人协商和解。
如有进一步疑问或需要具体法律建议，可直接向我咨询，我将结合你的实际情况提供专业分析。