结论：这种情况是否算逾期需要分情况讨论，具体如下：

1. 若合同明确约定自由还款模式下约定还款额未存时按最低还款额处理不算逾期
   在公积金房贷自由还款方式中，部分贷款合同会明确约定：若借款人未在约定还款日存入足额约定还款额，银行或公积金管理中心有权从借款人账户中扣划最低还款额，且此种情况不视为逾期还款。这种情况下，虽然您未存入约定还款额，但银行已按合同约定扣划最低还款额，不会产生逾期记录，也不会影响您的个人征信。不过，您仍需注意，最低还款额通常仅能覆盖当期部分利息或本金，剩余未还部分可能会产生罚息或计入下期还款金额，增加您的还款负担。

2. 若合同未明确约定或约定不明确，且最低还款额未覆盖当期应还款项
   如果贷款合同中未明确约定自由还款模式下约定还款额未存时的处理方式，或者约定不明确，而银行扣划的最低还款额未覆盖当期应还款项（如本金、利息等），那么剩余未还部分可能会被视为逾期。这种情况下，银行或公积金管理中心可能会将逾期信息报送至征信机构，影响您的个人征信记录。此外，您还可能需要支付逾期罚息，增加还款成本。

建议：

• 查阅贷款合同：首先，建议您仔细查阅公积金房贷的贷款合同，特别是关于还款方式、逾期定义及处理方式的条款，以明确银行在您未存入约定还款额时的具体处理方式。
  
• 联系银行或公积金管理中心：如果您对合同条款有疑问，或者不确定自己的还款情况是否构成逾期，建议您直接联系银行或公积金管理中心的客服部门，咨询您的具体还款情况及是否会产生逾期记录。
  
• 及时补存还款额：无论合同如何约定，为了避免不必要的麻烦和费用，建议您在发现未存入约定还款额后，尽快补存剩余还款额，确保当期应还款项得到全额清偿。