结论：在不知情的情况下被注册了公司并拒绝配合开票，这一行为可能对您产生多方面的影响，具体取决于多种因素，包括您是否最终被认定为公司的实际控制人或股东、公司的经营状况以及税务机关的调查结果等。以下是对此问题的详细分析：
一、法律责任与风险
身份认定风险：
- 如果您被错误地登记为公司的股东或法定代表人，而实际上您并不知情也未参与公司经营，那么您可能面临被要求承担公司相关法律责任的风险。这包括但不限于公司的债务、税务违法行为的责任等。
- 税务机关在调查过程中，如果发现您与公司存在某种关联（如名义上的股东或法定代表人），可能会要求您配合调查，甚至可能对您采取行政措施或追究法律责任。
拒绝配合开票的法律后果：
- 如果您被认定为公司的相关人员（如股东、法定代表人等），而拒绝配合开票，这可能构成违反税务管理规定的行为。税务机关有权对您进行处罚，包括但不限于罚款、滞纳金等。
- 在极端情况下，如果您的行为被认定为妨碍税务机关执行公务，还可能面临更严重的法律后果，如行政拘留等。
二、实际影响与应对措施
实际影响：
- 即使您并不知情被注册为公司，但一旦公司出现税务问题或法律纠纷，您可能会被卷入其中，耗费大量时间和精力去处理这些事务。
- 您的个人信用记录也可能因此受到影响，进而影响您未来的贷款、信用卡申请等金融活动。
应对措施：
- 及时澄清身份：一旦发现您被错误地登记为公司的股东或法定代表人，应立即向工商行政管理部门和税务机关提出异议，并提交相关证据证明您的清白。
- 配合调查：如果税务机关要求您配合调查，应积极响应并提供必要的协助。同时，您可以向税务机关说明您并不知情被注册为公司的情况，并请求他们进行调查核实。
- 寻求法律帮助：如果您在处理此事过程中遇到困难或疑问，可以寻求专业律师的帮助。律师可以为您提供法律咨询、代理申诉等服务，帮助您维护自己的合法权益。
三、预防措施与建议
加强个人信息保护：
- 妥善保管好您的身份证、户口本等个人证件，避免泄露给他人。
- 定期查询您的个人信用记录，及时发现并处理异常情况。
提高法律意识：
- 了解并遵守相关法律法规，避免因为无知而触犯法律。
- 在涉及公司注册、股权变更等事务时，务必谨慎对待，确保自己的权益不受侵害。
最后，如果您在不知情的情况下被注册了公司并拒绝配合开票，建议您立即采取行动澄清身份并配合调查。同时，如果您在此过程中遇到任何法律问题或疑问，可以直接向我咨询。作为专业律师，我将为您提供全面的法律支持和帮助。