结论：土地有偿永久退出但经营权证未变更，一般不能算作履行完毕。

分析说明：

1. 合同履行角度：

   • 在土地有偿永久退出的交易中，双方通常会签订一份合同，明确各自的权利和义务。合同的履行不仅要求一方支付款项，还要求另一方完成相应的义务，如土地经营权的变更。
   • 如果仅支付了款项，但土地经营权证未变更，那么从合同履行的角度来看，这并未完全履行合同义务。因为经营权证的变更通常是合同履行的重要一环，它标志着土地经营权的正式转移。

2. 物权变动角度：

   • 根据《民法典》的相关规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，应当依照法律规定登记。土地经营权作为一种不动产物权，其变更也应当进行登记。
   • 如果土地经营权证未变更，那么从法律上讲，土地的经营权可能仍然属于原权利人，而非新的受让人。这可能导致新的受让人在实际上无法行使土地经营权，从而引发纠纷。

3. 实际风险角度：

   • 如果土地经营权证未变更，原权利人可能仍然保留对土地的某些权利，如出租、抵押等。这可能导致新的受让人在不知情的情况下遭受损失。
   • 此外，如果原权利人涉及法律纠纷或债务问题，土地经营权证未变更也可能使新的受让人卷入其中，承担不必要的法律风险。

法律建议：

• 完善合同条款：在签订土地有偿永久退出合同时，应明确约定土地经营权证的变更时间、方式和责任方。确保合同条款的完整性和明确性，以避免后续纠纷。
• 及时办理变更手续：在支付款项后，应及时与相关部门联系，办理土地经营权证的变更手续。确保土地经营权的正式转移，保障自己的合法权益。
• 咨询专业律师：在涉及土地有偿永久退出的交易中，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议，帮助当事人规避法律风险，确保交易的合法性和有效性。

后续行动建议：

• 如果已经发生了土地有偿永久退出但经营权证未变更的情况，建议尽快与原权利人协商，要求其配合办理经营权证的变更手续。
• 如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决纠纷，如提起诉讼或申请仲裁等。在此过程中，应保留好相关证据，如合同、付款凭证等，以支持自己的主张。