针对已生效判决中查到证据作假的情况，负责处理的部门及流程主要涉及法院系统及可能的检察机关，具体分析如下：

1. 法院系统内部处理：

   • 审判监督程序启动：一旦发现已生效判决中存在证据作假的情况，首先应通过审判监督程序进行纠正。这通常由作出原判决的法院或其上级法院负责。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，当事人及其法定代理人、近亲属，或者人民法院、人民检察院认为已生效的判决、裁定确有错误时，可以提出申诉或抗诉，启动审判监督程序。
   • 再审审查与决定：法院在收到申诉或抗诉后，会进行审查，认为原判决、裁定确有错误的，会裁定再审。再审过程中，法院会重新审理案件，对证据进行全面审查，包括对作假证据的认定和排除。

2. 检察机关监督：

   • 抗诉权行使：如果检察机关认为已生效判决中存在证据作假等严重错误，且法院未依法启动再审程序，检察机关可以依法向法院提出抗诉，要求法院重新审理案件。
   • 法律监督职能：检察机关作为法律监督机关，对刑事诉讼活动进行全程监督，包括审判阶段。一旦发现证据作假等违法行为，检察机关会依法履行监督职责，确保司法公正。

3. 具体处理流程：

   • 申诉或抗诉提出：当事人或其法定代理人、近亲属，或者检察机关认为判决有误时，应向有管辖权的法院或检察机关提出申诉或抗诉。
   • 审查与决定：法院或检察机关在收到申诉或抗诉后，会进行审查，认为符合再审条件的，会裁定再审或提出抗诉。
   • 再审审理：再审过程中，法院会重新组成合议庭，对案件进行全面审理，包括对证据的重新审查和认定。
   • 判决与执行：再审结束后，法院会根据审理结果作出新的判决，并依法执行。如果原判决被撤销或变更，相关执行措施也会相应调整。

4. 注意事项：

   • 证据作假的认定：在处理证据作假问题时，必须严格依法进行认定。只有经过法定程序查证属实的证据，才能作为定案的根据。对于作假证据，应依法予以排除。
   • 法律责任追究：对于故意作假证、伪造证据等违法行为，应依法追究相关人员的法律责任。这包括刑事责任和民事责任等。

在实际操作中，如果发现已生效判决中存在证据作假的情况，建议及时向作出原判决的法院或其上级法院提出申诉，或者向检察机关提出抗诉申请。同时，也可以咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。作为李世杰律师，我专注于刑事辩护和律师会见领域，如果你有任何相关问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。