质检局（现市场监督管理局）在店主不在店的情况下进行全面搜查，是否违法需分情况讨论：

1. 有合法搜查手续的情况：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关市场监管法律法规，市场监督管理局在履行职责过程中，若认为有必要对经营场所进行检查，且符合法定程序，可以依法进行搜查。这通常包括出示执法证件、表明身份、说明来意，并可能涉及出示搜查令或检查通知书等法律文件。
   • 合法性分析：在店主不在店的情况下，如果市场监督管理局已经依法取得了搜查手续，并且搜查过程符合法定程序，如由两名以上执法人员执行、制作现场检查笔录等，那么这种搜查是合法的。执法人员有权在店主不在场的情况下对经营场所进行检查，但应尽可能通知店主或其工作人员到场，若确实无法通知或店主拒绝到场，也不影响搜查的合法性。

2. 无合法搜查手续的情况：

   • 法律依据：同样根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关法律法规，任何行政机关在没有合法依据和程序的情况下，不得擅自对公民、法人或其他组织的财产进行搜查。
   • 违法性分析：如果市场监督管理局在店主不在店的情况下，未出示任何合法搜查手续，也未遵循法定程序进行搜查，那么这种搜查是违法的。店主有权拒绝这种非法的搜查行为，并可以向相关部门投诉或寻求法律救济。

法律建议：

• 对于店主：如果遇到市场监督管理局在无合法手续的情况下进行搜查，应首先保持冷静，要求执法人员出示合法搜查手续。如果执法人员无法出示或搜查过程存在违法行为，店主可以拒绝搜查，并及时向相关部门投诉或寻求法律帮助。
• 对于市场监督管理局：应严格遵守法定程序和权限进行搜查，确保搜查的合法性和正当性。在搜查前应尽可能通知店主或其工作人员到场，并制作详细的现场检查笔录，以保障双方的合法权益。

可能后果：

• 如果搜查合法：市场监督管理局可以依法对经营场所进行检查，并可能根据检查结果对店主进行相应的行政处罚或采取其他措施。
• 如果搜查违法：店主有权要求市场监督管理局停止违法行为，并可以寻求法律救济，如提起行政诉讼或申请行政复议等。同时，市场监督管理局及其执法人员也可能因违法行为而承担相应的法律责任。

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