在破产程序中，以物抵债协议的清偿方式及顺序是一个涉及多个法律层面和实际操作细节的问题。以下是对此问题的详细解答：

一、以物抵债协议在破产程序中的清偿方式

以物抵债协议，本质上是一种债务清偿方式，即债务人通过将其拥有的特定财产转移给债权人，以抵消其应履行的债务。在破产程序中，这种清偿方式需要遵循破产法的相关规定，并受到破产管理人的监督和管理。

1. 协议的有效性：首先，以物抵债协议必须在破产申请受理前已经成立并生效，且该协议不得违反法律法规的强制性规定或损害其他债权人的利益。

2. 财产的处置：在破产程序中，债务人的财产由破产管理人统一管理和处置。因此，以物抵债协议中的财产需要由破产管理人进行评估、变价等处理，以确保其价值得到最大化实现。

3. 清偿的顺序：以物抵债协议的清偿顺序需要遵循破产法规定的清偿顺序，即先清偿有财产担保的债权，再清偿破产费用和共益债务，然后是职工债权、税款债权，最后是普通债权。

二、以物抵债协议在破产程序中的清偿顺序

1. 有财产担保的债权：

   • 如果以物抵债协议中的财产已经为某个债权人设定了抵押权或其他财产担保，并且该担保已经依法登记或具备其他法定优先权条件，那么该债权人在破产程序中将享有优先受偿的权利。
   • 当同一抵押物上存在多个抵押权时，清偿顺序按照已登记的优先于未登记的、都已登记的按照登记时间先后、都未登记的按照债权比例进行清偿。

2. 破产费用和共益债务：

   • 在清偿了有财产担保的债权后，接下来会支付与破产程序直接相关的费用，如破产案件的诉讼费用、管理人的报酬等，以及为全体债权人的共同利益而支出的债务，如破产财产的保管、变卖等过程中产生的费用。

3. 职工债权：

   • 包括破产企业所欠职工的工资、医疗、伤残补助、抚恤费用等，这些债权在破产清偿中具有较高的优先级，体现了对劳动者权益的特殊保护。

4. 税款债权：

   • 破产企业所欠的税款也会按照一定的顺序进行清偿，但通常排在职工债权之后。

5. 普通债权：

   • 最后，剩余的可分配财产将用于清偿那些没有特定财产担保的普通债权。在普通债权之间，通常会按照比例进行公平分配。

三、特殊情况与注意事项

1. 破产管理人的角色：在破产程序中，破产管理人负责管理和处置债务人的财产，包括以物抵债协议中的财产。因此，债权人需要与破产管理人密切合作，确保以物抵债协议的顺利执行。

2. 债权申报与确认：债权人需要在破产程序中及时申报其债权，并提供相关证据以证明其债权的合法性和有效性。破产管理人将对申报的债权进行审查和确认，并确定其清偿顺序和金额。

3. 法律程序的遵循：在破产程序中，所有清偿行为都需要遵循法律程序和相关规定。债权人需要了解并遵守这些程序和规定，以确保其权益得到合法保护。

综上所述，以物抵债协议在破产程序中的清偿方式及顺序需要遵循破产法的相关规定和清偿顺序原则。债权人需要了解并遵守这些规定和原则，与破产管理人密切合作，以确保其权益得到合法保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，建议咨询专业的律师或法律顾问。