结论：信用社贷款还款时少还12元是否算逾期以及能否协商不上征信，需分情况讨论，以下为你详细分析：
关于是否算逾期
- 从合同约定角度：贷款合同中一般会明确规定还款金额、还款期限等关键信息。如果合同中明确约定了必须足额还款，那么即使少还12元，也属于未按照合同约定履行还款义务，信用社有权将此次还款视为逾期。这是因为合同是双方自愿达成的具有法律约束力的协议，双方都应当严格遵守其中的条款。
- 从信用社实际操作角度：有些信用社在处理此类小额少还情况时，可能会有一定的宽限期或者容差机制。如果信用社有这样的规定，且少还的12元在容差范围内，那么可能不会立即认定为逾期。不过，这种容差机制并非所有信用社都有，而且具体的容差金额和期限也因信用社而异。
关于能否协商不上征信
- 积极沟通协商：如果确实因为疏忽少还了12元导致逾期，你可以第一时间主动与信用社取得联系，诚恳地说明情况，表达自己并非恶意逾期，并且承诺会尽快补缴欠款。同时，向信用社提出不上征信的请求。在这种情况下，如果信用社认为你的情况特殊且态度良好，有可能会同意不上征信。毕竟信用社也希望与客户保持良好的关系，避免因小额纠纷导致客户流失。
- 依据相关法规协商：根据《征信业管理条例》等相关法律法规，征信机构采集、保存、提供的信息应当真实、准确、完整。如果信用社将此次小额少还情况上报征信，而你认为这并不符合实际情况或者存在不合理之处，你可以与信用社协商，要求其提供充分的证据证明此次逾期行为的合理性。如果信用社无法提供有效证据，你可以要求其撤销上报征信的记录。不过，这种协商方式需要你有一定的法律知识和证据意识，并且要依法依规进行。
- 协商不成的应对：如果与信用社协商未能达成一致，信用社仍然将逾期记录上报征信，你可以在收到征信异议回复后，向当地人民银行征信管理部门提出异议申请。人民银行征信管理部门会根据具体情况进行调查核实，如果确实存在错误或者不合理之处，会要求信用社进行更正。
建议：为了避免类似情况的发生，在还款时一定要仔细核对还款金额，确保足额还款。如果不小心出现少还的情况，要及时与信用社沟通并尽快补缴欠款。如果对征信记录有异议，要积极通过合法途径维护自己的权益。如果你还有其他关于贷款还款或征信方面的疑问，欢迎随时向我咨询。