结论：绿灯时车辆已过停止线，随后红灯亮起且车辆停在斑马线上，通常不会被认定为闯红灯而受到处罚，但有可能因越线停车被处以警告或罚款，具体需根据实际情况及当地交通管理部门的判断而定。以下是对此问题的详细分析：
一、法律条文解读与闯红灯的认定
绿灯通行合法性：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第三十八条，绿灯亮时，准许车辆通行。因此，车辆在绿灯时通过停止线并进入路口（包括斑马线区域）是合法的。
闯红灯的认定条件：
- 闯红灯通常需要满足车辆在红灯亮起后整体越过停止线、到达路中间、开到对面路口这三个连续条件。若车辆在绿灯时已经过线，仅在红灯时停于斑马线上，未继续行驶，则不符合闯红灯的完整认定条件。
二、越线停车的判定与处罚
越线停车的定义：
- 机动车在路口等待信号灯时，应停在停止线以内。若车辆在红灯亮起时仅部分越过停止线并立即停车，则构成越线停车。
处罚情况分析：
- 不处罚情形：根据《道路交通安全违法行为处理程序规定》，若电子眼拍摄的照片无法清晰反映车辆移动情况，或现场交警认为情节轻微，可能不对越线停车行为进行处罚。
- 处罚情形：依据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条，违反道路通行规定的机动车驾驶人可被处警告或二十元以上二百元以下罚款。若电子眼抓拍画面清晰显示车辆在红灯亮起后继续前行至斑马线上停车，或现场交警确认越线停车行为，驾驶人可能面临罚款和记分处罚（具体扣分和罚款数额可能因地区而异，部分地区可能扣2分）。
三、具体情况分析与建议
紧急情况下的处理：
- 如果车辆在绿灯时通过停止线后因紧急刹车、避让行人等合理原因停在斑马线上，且未造成交通拥堵或安全隐患，通常不会被视为违章。
驾驶员责任：
- 驾驶员应严格遵守交通信号灯指示，确保行车安全。在遇到类似情况时，应立即停车并观察周围交通状况，避免影响其他行人和车辆的通行。
地域差异与特殊情况：
- 需要注意的是，各地的交通法规执行标准可能存在差异。有的地方可能对“越线停车”有一定的宽容度，只要不影响行人通行就不会处罚；而有的地方则可能严格执行规定。此外，如果前方有大型车辆遮挡视线导致误闯，或者信号灯故障、交警现场指挥通行等特殊原因，车主可以向交警部门提出申诉，经核实后可免于处罚。
四、总结与建议
绿灯时车辆已过停止线后遇红灯停在斑马线上，一般不会被认定为闯红灯而受罚，但需注意可能因越线停车而面临的处罚风险。驾驶员在行驶过程中应保持警惕，遵守交通规则，确保自身及他人的安全。在具体案例中，是否处罚及处罚程度将依据实际情况和当地交通管理部门的判断而定。如果对具体的交通违法及处罚有疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更准确的法律意见。