核心结论：农村信用社合同纠纷立案后又归档，通常意味着案件在程序上可能已终结或进入特定处理阶段，但具体影响及后续处理需结合归档原因判断。以下是具体分析及建议：

1. 归档的常见原因及法律后果

• 程序终结性归档：若案件因调解、撤诉、判决生效等法定原因终结，法院会依法归档。此时，案件已具有法律效力，若对结果不满，需在法定期限内（如15日内上诉）提出救济申请，否则归档意味着程序终结。
• 非终结性归档：部分法院可能因案件中止（如等待鉴定结果、当事人下落不明等）或系统操作原因暂时归档，此时案件未实际终结，可申请恢复审理。需通过法院查询具体归档原因。

2. 当事人应采取的行动

• 立即联系法院：携带身份证、立案通知书等材料，向归档法院（或原承办法庭）查询归档具体原因（如终结、中止等），并要求出具书面说明。
• 区分归档性质：
  • 若为终结性归档：检查是否收到判决书/裁定书，若未收到，要求法院补发；若已收到且不服，需在上诉期内上诉，逾期则考虑申请再审（需符合《民事诉讼法》第207条情形）。
  • 若为非终结性归档：提交恢复审理申请（如补充证据、说明中止事由消除等），推动案件继续进行。
• 保留关键证据：无论归档原因如何，均需妥善保管合同、付款记录、沟通记录等证据，以备后续程序使用。

3. 特殊情形处理

• 信用社违规操作：若归档系因信用社伪造证据、隐瞒关键事实等违规行为导致，可向法院提交《案件复查申请书》，要求启动审判监督程序；同时可向银保监会或当地金融监管部门举报信用社的违规行为。
• 超过诉讼时效：若归档后发现已过诉讼时效（一般为3年），可尝试与信用社协商和解，或通过其他非诉途径（如投诉、调解）解决纠纷，但法院可能不再支持诉讼主张。

4. 预防性建议

• 及时跟进案件：立案后定期与法院沟通，避免因未及时提交材料或参加庭审导致案件被按撤诉处理。
• 委托专业律师：合同纠纷涉及法律关系复杂，建议委托律师协助处理，避免因程序疏忽导致权益受损。

行动提示：请尽快携带相关材料到法院查询归档原因，并根据上述分析采取对应措施。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体案情提供详细方案。