在处理三轮车（这里我们假设为三轮摩托车，因其通常涉及证件问题）与电动车发生碰撞，且三轮车被认定为次要责任的情况时，赔偿问题需要综合考虑多个方面。以下是一个详细且有条理的解答：
一、责任划分与赔偿原则
责任划分：
- 根据交警部门出具的事故认定书，三轮车负次要责任，电动车负主要责任。这通常意味着在赔偿时，三轮车一方将承担较小比例的责任，而电动车一方将承担较大比例的责任。
赔偿原则：
- 赔偿应遵循“按责赔偿”的原则，即根据双方的责任比例来分担损失。同时，如果三轮车购买了交强险和商业险，应优先由保险公司进行赔付。
二、赔偿项目与计算
人身损害赔偿：
- 包括医疗费、误工费、护理费、交通费等直接费用，以及可能的残疾赔偿金、死亡补偿费等间接费用。这些费用应根据受害人的实际情况和法律规定进行计算。
财产损失赔偿：
- 包括车辆维修费、重置费、车载物品损失等。对于经营性车辆，如三轮车用于运输等，还需考虑停运损失；非经营性车辆则考虑替代交通工具费用。
三、具体赔偿流程
交强险赔付：
- 三轮车的交强险应在责任限额内（死亡伤残18万、医疗1.8万、财产0.2万）进行赔偿，无论责任大小。这部分赔偿是优先的，且由保险公司直接支付给受害人。
商业险补充赔付：
- 如果交强险的赔付不足以覆盖损失，超出部分应根据商业险合同和责任比例，由保险公司进行补充赔付。这同样需要三轮车车主向保险公司提交理赔申请及相关证明材料。
三轮车车主自赔部分：
- 如果商业险的赔付仍然不足以覆盖损失，或者三轮车未购买商业险，那么超出交强险和商业险赔付范围的部分，将由三轮车车主或驾驶员按责任比例自行承担。
电动车方的赔偿：
- 电动车方作为主要责任方，也需要对三轮车方的损失承担相应的赔偿责任。这部分赔偿同样可以根据电动车方的保险情况（如果有的话）和责任比例来进行。
四、协商与诉讼
协商解决：
- 在事故发生后，双方应首先尝试通过协商来解决赔偿问题。这可以节省时间和成本，并有助于维护双方的关系。
诉讼解决：
- 如果协商不成，任何一方都可以向人民法院提起民事诉讼。法院将依据事实、法律和证据，判决双方承担的赔偿责任。在诉讼过程中，双方应积极配合法院的调查和审理工作。
五、特殊注意事项
- 证据保留：事故现场照片、医疗记录、费用发票等证据是赔偿的重要依据，应妥善保存。
- 专业咨询：在处理过程中，建议双方咨询专业律师或保险公司，以确保合法权益得到保护。
- 理性沟通：保持冷静、理性沟通，有助于加快赔偿进程，减少不必要的纠纷。
综上所述，三轮车与电动车发生碰撞且三轮车负次要责任时，赔偿问题需要综合考虑责任划分、赔偿项目与计算、保险赔付流程以及协商与诉讼等多个方面。双方应遵循相关法律法规和赔偿原则，通过协商或诉讼途径来妥善解决赔偿问题。